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万見
- PDB-1cxv: STRUCTURE OF RECOMBINANT MOUSE COLLAGENASE-3 (MMP-13) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cxv
タイトルSTRUCTURE OF RECOMBINANT MOUSE COLLAGENASE-3 (MMP-13)
要素PROTEIN (COLLAGENASE-3)
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEASE / GLYCOPROTEIN / COLLAGEN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / growth plate cartilage development / Degradation of the extracellular matrix / endochondral ossification / bone morphogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / bone mineralization / collagen catabolic process ...Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / growth plate cartilage development / Degradation of the extracellular matrix / endochondral ossification / bone morphogenesis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / bone mineralization / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / collagen binding / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CBP / Collagenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Botos, I. / Meyer, E. / Swanson, S.M. / Lemaitre, V. / Eeckhout, Y. / Meyer, E.F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of recombinant mouse collagenase-3 (MMP-13).
著者: Botos, I. / Meyer, E. / Swanson, S.M. / Lemaitre, V. / Eeckhout, Y. / Meyer, E.F.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structures of Mmp-1 and-13 Reveal the Structural Basis for Selectivity of Collagenase Inhibitors
著者: Lovejoy, B. / Welch, A.R. / Carr, S. / Luong, C. / Broka, C. / Hendriks, T. / Campbell, J.A. / Walker, K.A.M. / Martin, R. / Van, W.H. / Browner, M.F.
#2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1997
タイトル: The Recombinant Catalytic Domain of Mouse Collagenase-3 Depolymerizes Type I Collagen by Cleaving its Aminotelopeptides
著者: Lemaitre, V. / Jungbluth, A. / Eeckhout, Y.
履歴
登録1999年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (COLLAGENASE-3)
B: PROTEIN (COLLAGENASE-3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,31512
ポリマ－37,0412
非ポリマー1,27410
水5,783321
1
A: PROTEIN (COLLAGENASE-3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1576
ポリマ－18,5211
非ポリマー6375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (COLLAGENASE-3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1576
ポリマ－18,5211
非ポリマー6375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.360, 48.460, 74.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (COLLAGENASE-3) / MATRIX METALLOPROTEINASE / MMP-13


分子量: 18520.551 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P33435, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CBP / 2-{4-[4-(4-CHLORO-PHENOXY)-BENZENESULFONYL]-TETRAHYDRO-PYRAN-4-YL}-N-HYDROXY-ACETAMIDE


分子量: 425.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20ClNO6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117 mg/mlprotein11
210 mMHEPES11
3ammonium sulfate11saturated

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 14.8 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 25433 / % possible obs: 96.8 % / Num. measured all: 165387 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 94.3 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 490456.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2233 9.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 22560 85.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.88 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å20 Å24.51 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----2.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2568 0 64 321 2953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.671.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.272.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 333 10.7 %
Rwork0.229 2779 -
obs--71.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2RS.PARAMRS.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ZN.PARAMZN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.257 / % reflection Rfree: 10.7 % / Rfactor Rwork: 0.229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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