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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cxi | |||||||||
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タイトル | WILD-TYPE CGTASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 AT 120 K AND PH 7.55 | |||||||||
![]() | CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE | |||||||||
![]() | GLYCOSYLTRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Knegtel, R.M.A. / Strokopytov, B.V. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic studies of the interaction of cyclodextrin glycosyltransferase from Bacillus circulans strain 251 with natural substrates and products. 著者: Knegtel, R.M. / Strokopytov, B. / Penninga, D. / Faber, O.G. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #1: ![]() タイトル: X-Ray Structure of Cyclodextrin Glycosyltransferase Complexed with Acarbose. Implications for the Catalytic Mechanism of Glycosidases 著者: Strokopytov, B. / Penninga, D. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #2: ![]() タイトル: Nucleotide Sequence and X-Ray Structure of Cyclodextrin Glycosyltransferase from Bacillus Circulans Strain 251 in a Maltose-Dependent Crystal Form 著者: Lawson, C.L.L. / Van Montfort, R. / Strokopytov, B. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / De Vries, G.E. / Penninga, D. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #3: ![]() タイトル: Maltodextrin-Dependent Crystallization of Cyclomalto-Dextrin Glucanotransferase from Bacillus Circulans 著者: Lawson, C.L.L. / Bergsma, J. / Bruinenberg, P.M. / De Vries, G. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 372 / 2: CIS PROLINE - PRO 506 / 3: CIS PROLINE - PRO 624 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74575.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P43379, cyclomaltodextrin glucanotransferase | ||||
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#2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.55 / 詳細: pH 7.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年7月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 9.6 Å / Num. obs: 39669 / % possible obs: 89.7 % / Num. measured all: 186267 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.23 Å / % possible obs: 79.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.243 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 12.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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