ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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SHARP | 位相決定 | CNS | 精密化 | SCALEPACK | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→500 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: CNS_TOPPAR/PROTEIN_REP.PARAM CNS_ TOPPAR/WATER_REP.PARAM
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.222 | 2848 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.19 | - | - | - |
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obs | 0.19 | 56264 | 93.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 78.04 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -10.91 Å2 | -4.43 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -10.91 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 21.81 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.27 Å | 0.23 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.37 Å | 0.32 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→500 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4064 | 0 | 0 | 739 | 4803 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.01 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.96 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.01 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.67 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.53 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.37 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.329 | 465 | 5.2 % |
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Rwork | 0.303 | 8540 | - |
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obs | - | - | 90.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAWATER.TOP | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.6 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.96 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.329 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.303 |
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