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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cwp
タイトルSTRUCTURES OF THE NATIVE AND SWOLLEN FORMS OF COWPEA CHLOROTIC MOTTLE VIRUS DETERMINED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY AND CRYO-ELECTRON MICROSCOPY
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(*AP*U)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
キーワードVirus/RNA / BROMOVIRUS / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Satellite virus coat domain / Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Speir, J.A. / Johnson, J.E. / Munshi, S. / Wang, G. / Timothy, S. / Baker, T.S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structures of the native and swollen forms of cowpea chlorotic mottle virus determined by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy.
著者: Speir, J.A. / Munshi, S. / Wang, G. / Baker, T.S. / Johnson, J.E.
#1: ジャーナル: Thesis, Purdue University / 年: 1994
タイトル: The 3.2 Angstrom Resolution Structure of the Polymorphic Cowpea Chlorotic Mottle Virus Ribonucleoprotein Particle
著者: Speir, J.A.
#2: ジャーナル: Virology / 年: 1993
タイトル: Preliminary X-Ray Data Analysis of Crystalline Cowpea Chlorotic Mottle Virus
著者: Speir, J.A. / Munshi, S. / Baker, T.S. / Johnson, J.E.
#3: ジャーナル: Virology / 年: 1967
タイトル: A Study of the Self-Assembly Process in a Small Spherical Virus: Formation of Organized Structures from Protein Subunits in Vitro
著者: Bancroft, J.B. / Hills, G.J. / Markham, R.
履歴
登録1995年5月22日処理サイト: NDB
改定 1.01995年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0516
ポリマ－64,0516
非ポリマー00
水00
1
D: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,843,045360
ポリマ－3,843,045360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 320 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,25430
ポリマ－320,25430
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
D: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 384 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)384,30436
ポリマ－384,30436
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
D: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*U)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.84 MDa, 360 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,843,045360
ポリマ－3,843,045360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)381.300, 381.300, 408.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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46generate(-0.21515521, -0.68354106, -0.69731933), (-0.48372679, 0.69520917, -0.53200963), (0.8480028, 0.22433441, -0.48005397)-1.16756, -0.23374, 2.60069
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48generate(-0.49306925, 0.53454274, 0.68567027), (-0.67357844, 0.26325835, -0.69104578), (-0.55042492, -0.80291182, 0.2298109)-5.92008, 0.4652, 1.02432
49generate(0.37254889, 0.92756305, 0.03421753), (-0.82844751, 0.34795866, -0.43913072), (-0.41935634, 0.13422236, 0.89752644)-4.18633, -0.32884, -1.45251
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51generate(0.4014654, -0.63013592, -0.66388575), (0.45483938, -0.49152345, 0.7430646), (-0.79462347, -0.60071315, 0.09005805)0.37752, 4.74438, -0.10107
52generate(-0.44230563, -0.89397521, 0.07526637), (0.66187674, -0.26775491, 0.70056522), (-0.60490403, 0.35895854, 0.71006054)-1.68473, 4.75401, -2.44766
53generate(-0.4958174, -0.05839426, 0.8663973), (0.8269054, -0.33708521, 0.45039756), (0.26710115, 0.93933209, 0.21486862)-4.47586, 5.53482, -1.27686
54generate(0.31488153, 0.72186246, 0.61619098), (0.72186136, -0.60370223, 0.33828482), (0.61631054, 0.33835097, -0.7111793)-4.13863, 6.00776, 1.79332
55generate(0.8694328, 0.36850669, -0.32957596), (0.49191192, -0.69915031, 0.51916299), (-0.03987136, -0.61344933, -0.78831648)-1.13908, 5.51924, 2.52
56generate(0.157124, 0.54379244, 0.82423792), (0.89018848, 0.28361693, -0.3569525), (-0.42698616, 0.7895424, -0.44074093)-4.22646, 4.54298, -2.42792
57generate(0.8696319, 0.49267805, -0.0391081), (0.36708254, -0.69852885, -0.61349968), (-0.32963911, 0.51866011, -0.78913704)-1.63008, 5.8195, -1.24947
58generate(0.65319316, -0.44663562, -0.61063163), (-0.44796018, -0.87897665, 0.1654608), (-0.61127478, 0.16514531, -0.77421651)0.56158, 3.59522, -1.10926
59generate(-0.19308124, -0.97604901, -0.10050659), (-0.42857834, -0.00835374, 0.90343203), (-0.88268225, 0.21754344, -0.41659901)-0.68028, 0.94402, -2.20105
60generate(-0.49966884, -0.3639308, 0.78629156), (0.39844302, 0.7101686, 0.58056285), (-0.76878561, 0.60344206, -0.21049976)-3.63945, 1.52976, -3.01602
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW WILL GENERATE THE ADDITIONAL CHAINS OF THE FULL ASYMMETRIC UNIT WHEN APPLIED TO THE COORDINATES PRESENTED IN THIS ENTRY.

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*AP*U)-3')


分子量: 1225.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*U)-3')


分子量: 590.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Coat protein / CCMV


分子量: 20336.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COWPEA PLANT
由来: (天然) Cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス)
属: Bromovirus / Variant: CALIFORNIA BLACKEYE / 参照: UniProt: P03601

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 25 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Speir, J.A., (1993) Virology, 193, 234.

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→30 Å / Num. obs: 633883 / % possible obs: 65 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.131
反射
*PLUS
最高解像度: 3.19 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 65 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータ削減
精密化解像度: 3.2→7 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.31 --
obs0.31 552678 57 %
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 210 0 0 3784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.97
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.31
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.103
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.539
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.969

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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