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- PDB-1cw3: HUMAN MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH NAD+ AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cw3
タイトルHUMAN MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH NAD+ AND MN2+
要素MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DINUCLEOTIDE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / carboxylesterase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Ni, L. / Zhou, J. / Hurley, T.D. / Weiner, H.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Human liver mitochondrial aldehyde dehydrogenase: three-dimensional structure and the restoration of solubility and activity of chimeric forms.
著者: Ni, L. / Zhou, J. / Hurley, T.D. / Weiner, H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Structure of mitochondrial aldehyde dehydrogenase: the genetic component of ethanol aversion.
著者: Steinmetz, C.G. / Xie, P. / Weiner, H. / Hurley, T.D.
履歴
登録1999年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
B: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
C: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
D: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
E: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
F: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
G: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
H: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)437,70232
ポリマ－431,7618
非ポリマー5,94124
水19,5821087
1
A: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
B: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
C: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
D: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,85116
ポリマ－215,8804
非ポリマー2,97112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26630 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area56960 Å2
手法PISA
2
E: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
F: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
G: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
H: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,85116
ポリマ－215,8804
非ポリマー2,97112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26370 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area57190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.4, 176.3, 102.0
Angle α, β, γ (deg.)90, 94.7, 90
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE / E.C.1.2.1.3 / ALDHI / ALDH-E2


分子量: 53970.090 Da / 分子数: 8
断片: COMPLETE MATURE SEQUENCE (DOES NOT INCLUDE MITOCHONDRIAL LEADER SEQUENCE)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05091, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1087 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 MM ACES, PH 6.4, 100 MM GUANIDINE-HCL, 2 MM NAD+, 4 MM DTT, 16% PEG 6000, 8 MG/ML ENZYME SOAKED WITH 8 MM MNCL2 FOR 2 DAYS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein11
2100 mMACES12
3100 mMguanidine-HCl12
42 mMNAD+12
53 mMdithiothreitol12
617 %(w/v)PEG600012

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→45 Å / Num. all: 112240 / Num. obs: 102859 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 2.15 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.58→2.68 Å / 冗長度: 1.51 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / % possible all: 64.3
反射
*PLUS
最低解像度: 45 Å / Num. measured all: 221417
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.58→45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: STANDARD X-PLOR WEIGHTS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 7234 7 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.18 102859 --
obs0.18 102859 91.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30384 0 368 1087 31839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 45 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.58 Å / 最低解像度: 2.68 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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