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- PDB-1cvy: CRYSTAL STRUCTURE OF POLYAMIDE DIMER (IMPYPYPYBETADP)2 BOUND TO C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cvy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF POLYAMIDE DIMER (IMPYPYPYBETADP)2 BOUND TO CCAGATCTGG
要素5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / IMIDAZOLE-PYRROLE POLYAMIDE / DOUBLE DRUG IN MINOR GROOVE / MINOR GROOVE RECOGNITION
機能・相同性IMIDAZOLE-PYRROLE POLYAMIDE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kielkopf, C.L. / Bremer, R.E. / White, S. / Baird, E.E. / Dervan, P.B. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural effects of DNA sequence on T.A recognition by hydroxypyrrole/pyrrole pairs in the minor groove.
著者: Kielkopf, C.L. / Bremer, R.E. / White, S. / Szewczyk, J.W. / Turner, J.M. / Baird, E.E. / Dervan, P.B. / Rees, D.C.
履歴
登録1999年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3874
ポリマ－6,0902
非ポリマー1,2972
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.493, 38.593, 47.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*GP*AP*TP*CP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3045.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-IPY / IMIDAZOLE-PYRROLE POLYAMIDE / IMIDAZOLE-PYRROLE-PYRROLE-PYRROLE-BETA ALANINE-DIMETHYLAMINO PROPYLAMIDE


分子量: 648.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H42N11O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: CALCIUM ACETATE, TRIS, MPD, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CALCIUM ACETATE11
2TRIS11
3MPD11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.6 mMduplex DNA1drop
21.3 mMpolyamide1drop
312 %1drop
435 mMCa acetate1drop
510 mMTris-HCl1drop
625 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→17 Å / Num. all: 3618 / Num. obs: 3618 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.074 / % possible all: 94.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 21424
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.2 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 7.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.15→17 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 144 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 3618 97.2 %-
all-3618 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 94 52 550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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