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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cvw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of active site-inhibited human coagulation factor VIIA (DES-GLA) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BLOOD COAGULATION / FACTOR VIIA / SERINE PROTEASE / EGF / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / response to vitamin K / response to carbon dioxide ...coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / response to vitamin K / response to carbon dioxide / response to thyroxine / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to cholesterol / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of blood coagulation / animal organ regeneration / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / circadian rhythm / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / blood coagulation / response to estradiol / collagen-containing extracellular matrix / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.28 Å | ||||||
データ登録者 | Kemball-Cook, G. / Johnson, D.J.D. / Tuddenham, E.G.D. / Harlos, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of active site-inhibited human coagulation factor VIIa (des-Gla). 著者: Kemball-Cook, G. / Johnson, D.J. / Tuddenham, E.G. / Harlos, K. #1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Active Site-Inhibited Human Coagulation Factor VIIa (des-Gla) 著者: Johnson, D.J. / Nugent, P.G. / Tuddenham, E.G. / Harlos, K. / Kemball-Cook, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cvw.cif.gz | 75 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cvw.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cvw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cvw_validation.pdf.gz | 788.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cvw_full_validation.pdf.gz | 793.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cvw_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cvw_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/1cvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/1cvw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6030.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官 (発現宿主): OVARY 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官 (発現宿主): OVARY 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa |
#3: 化合物 | ChemComp-0GE / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE CHLOROMETHYLKETONE GROUP AND THE ADJACENT RESIDUE OF THE INHIBITOR BIND WITH PROTEIN BY TWO ...THE CHLOROMETH |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: SOLUTION 30, HAMPTON SCREEN II, SEE REFERENCE 1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 詳細: used micro bridge |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 10 mg/ml / 一般名: protein |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→90 Å / Num. all: 23231 / Num. obs: 22596 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / % possible all: 72.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 345306 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.28→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |