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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cv9 | ||||||
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タイトル | NMR STUDY OF ITAM PEPTIDE SUBSTRATE | ||||||
要素 | IG-ALPHA ITAM PEPTIDE | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / LYN TYROSINE KINASE / ITAM / IMMUNORECEPTOR TYROSINE ACTIVATION MOTIF / PEPTIDE SUBSTATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / CD22 mediated BCR regulation / B cell activation / B cell proliferation / エンドソーム / B cell differentiation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity ...IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / CD22 mediated BCR regulation / B cell activation / B cell proliferation / エンドソーム / B cell differentiation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN THE X-PLOR 3.1 MANUAL WAS USED FOR STRUCTURE CALCULATION. RESTRAINED POWELL MINIMIZATION INCOPORATED THE CHARMM FORCE FIELD USING THE TOP_ALL22, PAR_ALL22 FILES IN THE X-PLOR 3.1 LIBRARY. 107 NOE DERIVED DISTANCE RESTRAINTS WERE USED THROUGH OUT THE STRUCTURE CALCULATION | ||||||
データ登録者 | Gaul, B.S. / Harrison, M.L. / Geahlen, R.L. / Post, C.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Substrate recognition by the Lyn protein-tyrosine kinase. NMR structure of the immunoreceptor tyrosine-based activation motif signaling region of the B cell antigen receptor. 著者: Gaul, B.S. / Harrison, M.L. / Geahlen, R.L. / Burton, R.A. / Post, C.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cv9.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cv9.ent.gz | 6.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cv9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/1cv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/1cv9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1433.456 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 178-189 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM HUMAN IG-ALPHA ITAM / 参照: UniProt: P11912*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES |
-試料調製
詳細 | 内容: 1 MM ITP WITH 0.2 MM KLYN, PH 7.0 PHOSPHATE BUFFER |
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試料状態 | pH: 7.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN THE X-PLOR 3.1 MANUAL WAS USED FOR STRUCTURE CALCULATION. RESTRAINED POWELL MINIMIZATION INCOPORATED THE CHARMM FORCE FIELD USING THE TOP_ALL22, PAR_ALL22 ...手法: THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN THE X-PLOR 3.1 MANUAL WAS USED FOR STRUCTURE CALCULATION. RESTRAINED POWELL MINIMIZATION INCOPORATED THE CHARMM FORCE FIELD USING THE TOP_ALL22, PAR_ALL22 FILES IN THE X-PLOR 3.1 LIBRARY. 107 NOE DERIVED DISTANCE RESTRAINTS WERE USED THROUGH OUT THE STRUCTURE CALCULATION ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |