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- PDB-1cv9: NMR STUDY OF ITAM PEPTIDE SUBSTRATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cv9
タイトルNMR STUDY OF ITAM PEPTIDE SUBSTRATE
要素IG-ALPHA ITAM PEPTIDE
キーワードIMMUNE SYSTEM / LYN TYROSINE KINASE / ITAM / IMMUNORECEPTOR TYROSINE ACTIVATION MOTIF / PEPTIDE SUBSTATE
機能・相同性
機能・相同性情報


IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / CD22 mediated BCR regulation / B cell activation / B cell proliferation / multivesicular body / B cell differentiation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity ...IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / CD22 mediated BCR regulation / B cell activation / B cell proliferation / multivesicular body / B cell differentiation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / membrane raft / external side of plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN THE X-PLOR 3.1 MANUAL WAS USED FOR STRUCTURE CALCULATION. RESTRAINED POWELL MINIMIZATION INCOPORATED THE CHARMM FORCE FIELD USING THE TOP_ALL22, PAR_ALL22 FILES IN THE X-PLOR 3.1 LIBRARY. 107 NOE DERIVED DISTANCE RESTRAINTS WERE USED THROUGH OUT THE STRUCTURE CALCULATION
データ登録者Gaul, B.S. / Harrison, M.L. / Geahlen, R.L. / Post, C.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Substrate recognition by the Lyn protein-tyrosine kinase. NMR structure of the immunoreceptor tyrosine-based activation motif signaling region of the B cell antigen receptor.
著者: Gaul, B.S. / Harrison, M.L. / Geahlen, R.L. / Burton, R.A. / Post, C.B.
履歴
登録1999年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG-ALPHA ITAM PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4331
ポリマ－1,4331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 200structures with favorable non-bond energy
代表モデルclosest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド IG-ALPHA ITAM PEPTIDE


分子量: 1433.456 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 178-189 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM HUMAN IG-ALPHA ITAM / 参照: UniProt: P11912*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1312D ROESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES

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試料調製

詳細内容: 1 MM ITP WITH 0.2 MM KLYN, PH 7.0 PHOSPHATE BUFFER
試料状態pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Varian UNITYVarianUNITY5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER, A.T.構造決定
CHARMM23.2BROOKS, B.R. ET AL.精密化
精密化手法: THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN THE X-PLOR 3.1 MANUAL WAS USED FOR STRUCTURE CALCULATION. RESTRAINED POWELL MINIMIZATION INCOPORATED THE CHARMM FORCE FIELD USING THE TOP_ALL22, PAR_ALL22 ...手法: THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN THE X-PLOR 3.1 MANUAL WAS USED FOR STRUCTURE CALCULATION. RESTRAINED POWELL MINIMIZATION INCOPORATED THE CHARMM FORCE FIELD USING THE TOP_ALL22, PAR_ALL22 FILES IN THE X-PLOR 3.1 LIBRARY. 107 NOE DERIVED DISTANCE RESTRAINTS WERE USED THROUGH OUT THE STRUCTURE CALCULATION
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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