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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ct2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE OMTKY3 P1 VARIANT OMTKY3-THR18I IN COMPLEX WITH SGPB | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX / BETA-BRANCHED P1 RESIDUE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bateman, K.S. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Deleterious effects of beta-branched residues in the S1 specificity pocket of Streptomyces griseus proteinase B (SGPB): crystal structures of the turkey ovomucoid third domain variants ...タイトル: Deleterious effects of beta-branched residues in the S1 specificity pocket of Streptomyces griseus proteinase B (SGPB): crystal structures of the turkey ovomucoid third domain variants Ile18I, Val18I, Thr18I, and Ser18I in complex with SGPB. 著者: Bateman, K.S. / Anderson, S. / Lu, W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 419.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18665.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: K1 / 参照: UniProt: P00777, streptogrisin B |
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#2: タンパク質 | 分子量: 5573.234 Da / 分子数: 1 / Fragment: THIRD DOMAIN OMTKY3-THR18I / Mutation: DEL 1-5, L18T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() Cell: EGG / プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 4000 sodium potassium phosphate , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2000H / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 121853 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.24 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.326 / % possible all: 59.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 21917 / Num. measured all: 68327 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 59.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.17 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.65→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.013 |