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万見
- PDB-1cse: THE HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cse
タイトルTHE HIGH-RESOLUTION X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN SUBTILISIN CARLSBERG AND EGLIN C, AN ELASTASE INHIBITOR FROM THE LEECH HIRUDO MEDICINALIS. STRUCTURAL ANALYSIS, SUBTILISIN STRUCTURE AND INTERFACE GEOMETRY
要素
  • EGLIN C
  • SUBTILISIN CARLSBERG
キーワードCOMPLEX(SERINE PROTEINASE-INHIBITOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 ...: / Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin / Subtilisin Carlsberg / Eglin C
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Bode, W.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1987
タイトル: The high-resolution X-ray crystal structure of the complex formed between subtilisin Carlsberg and eglin c, an elastase inhibitor from the leech Hirudo medicinalis. Structural analysis, ...タイトル: The high-resolution X-ray crystal structure of the complex formed between subtilisin Carlsberg and eglin c, an elastase inhibitor from the leech Hirudo medicinalis. Structural analysis, subtilisin structure and interface geometry.
著者: Bode, W. / Papamokos, E. / Musil, D.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1986
タイトル: Refined 1.2 Angstroms Crystal Structure of the Complex Formed between Subtilisin Carlsberg and the Inhibitor Eglin C. Molecular Structure of Eglin and its Detailed Interaction with Subtilisin
著者: Bode, W. / Papamokos, E. / Musil, D. / Seemueller, U. / Fritz, H.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1985
タイトル: Crystal and Molecular Structure of the Inhibitor Eglin from Leeches in Complex with Subtilisin Carlsberg
著者: Mcphalen, C.A. / Schnebli, H.P. / James, M.N.G.
履歴
登録1988年6月3日処理サイト: BNL
改定 1.01988年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: SUBTILISIN CARLSBERG
I: EGLIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4854
ポリマ－35,4052
非ポリマー802
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.300, 41.500, 57.000
Angle α, β, γ (deg.)111.80, 85.80, 104.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 168 IS A CIS PROLINE. / 2: RESIDUE THR 211 IS A CIS THREONINE. / 3: SEE REMARK 3.

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要素

#1: タンパク質 SUBTILISIN CARLSBERG


分子量: 27306.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P00780, UniProt: B0FXJ2*PLUS, subtilisin
#2: タンパク質 EGLIN C


分子量: 8099.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P01051
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: seeding
溶液の組成
*PLUS
濃度: 4-5 % / 一般名: PEG

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / Num. obs: 46280 / % possible obs: 45 % / Num. measured all: 94661 / Rmerge(I) obs: 0.092

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.2→10 Å
詳細: RESIDUE THR 211 IS A CIS THREONINE. IT WAS ORIGINALLY MODELLED AS A TRANS CONFORMER. AS OUTLINED IN REFERENCE 1 ABOVE, HOWEVER, THE MAIN CHAIN ANGLES OF THIS RESIDUE WERE OUTSIDE THE ALLOWED ...詳細: RESIDUE THR 211 IS A CIS THREONINE. IT WAS ORIGINALLY MODELLED AS A TRANS CONFORMER. AS OUTLINED IN REFERENCE 1 ABOVE, HOWEVER, THE MAIN CHAIN ANGLES OF THIS RESIDUE WERE OUTSIDE THE ALLOWED REGIONS AND THE FIT TO THE ELECTRON DENSITY WAS STILL INSUFFICIENT. THE CIS CONFORMER GIVEN IN THIS ENTRY FITS MUCH BETTER. THE MODIFIED MODEL HAS BEEN SUBJECTED TO TWO FURTHER MINICYCLES OF POSITIONAL AND B FACTOR REFINEMENT WITHOUT GROSS CONFORMATION CHANGES AND WITHOUT AFFECTING THE R VALUE. TWO SITES PROBABLY OCCUPIED BY CALCIUM IONS AND 432 SOLVENT MOLECULES WERE LOCATED. FOR THESE 434 NON-PROTEIN ATOMS REFINED INDIVIDUAL OCCUPANCIES ARE GIVEN.
Rfactor反射数
Rwork0.178 -
obs-44500
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2442 0 2 432 2876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.48
ソフトウェア
*PLUS
名称: EREF / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_angle_d / Dev ideal: 2.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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