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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cru | ||||||
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タイトル | SOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE FROM ACINETOBACTER CALCOACETICUS IN COMPLEX WITH PQQ AND METHYLHYDRAZINE | ||||||
要素 | PROTEIN (SOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / BETA-PROPELLER / SUPERBARREL / COMPLEX WITH THE COFACTOR PQQ AND THE INHIBITOR METHYLHYDRAZINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose 1-dehydrogenase (PQQ, quinone) / quinoprotein glucose dehydrogenase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Active-site structure of the soluble quinoprotein glucose dehydrogenase complexed with methylhydrazine: a covalent cofactor-inhibitor complex. 著者: Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: The 1.7 Angstrom Crystal Structure of the Apo-Form of the Soluble Quinoprotein Glucose Dehydrogenase from Acinetobacter Calcoaceticus Reveals a Novel Internal Sequence Repeat 著者: Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Duine, J.A. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: To be Published タイトル: Structure and Mechanism of Soluble Quinoprotein Glucose Dehydrogenase 著者: Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Olsthoorn, A.J.J. / Duine, J.A. / Dijsktra, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cru.cif.gz | 204.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cru.ent.gz | 167.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cru_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cru_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1cru_validation.xml.gz | 42.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cru_validation.cif.gz | 64.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/1cru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/1cru | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50293.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア) 細胞内の位置: PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13650, EC: 1.1.99.17 |
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-非ポリマー , 5種, 902分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2 詳細: PEG 6000, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, TRIS, GLYCINE, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Oubrie, A., (1999) J.Mol.Biol., 289, 319. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9475 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9475 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 142076 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 30.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / % possible all: 91.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 580379 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'REFMAC+X-PLOR3.843' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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