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- PDB-1cru: SOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE FROM ACINETOBACTER CAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cru
タイトルSOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE FROM ACINETOBACTER CALCOACETICUS IN COMPLEX WITH PQQ AND METHYLHYDRAZINE
要素PROTEIN (SOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / BETA-PROPELLER / SUPERBARREL / COMPLEX WITH THE COFACTOR PQQ AND THE INHIBITOR METHYLHYDRAZINE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose 1-dehydrogenase (PQQ, quinone) / quinoprotein glucose dehydrogenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PQQ-dependent dehydrogenase, s-GDH family / Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLHYDRAZINE / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Quinoprotein glucose dehydrogenase B
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Active-site structure of the soluble quinoprotein glucose dehydrogenase complexed with methylhydrazine: a covalent cofactor-inhibitor complex.
著者: Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The 1.7 Angstrom Crystal Structure of the Apo-Form of the Soluble Quinoprotein Glucose Dehydrogenase from Acinetobacter Calcoaceticus Reveals a Novel Internal Sequence Repeat
著者: Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Duine, J.A. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Mechanism of Soluble Quinoprotein Glucose Dehydrogenase
著者: Oubrie, A. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Olsthoorn, A.J.J. / Duine, J.A. / Dijsktra, B.W.
履歴
登録1999年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32013年8月14日Group: Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE)
B: PROTEIN (SOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,66813
ポリマ－100,5862
非ポリマー1,08111
水16,051891
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.579, 92.658, 85.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROTEIN (SOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE)


分子量: 50293.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13650, EC: 1.1.99.17

-
非ポリマー , 5種, 902分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#4: 化合物 ChemComp-HDN / METHYLHYDRAZINE


分子量: 44.056 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 891 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: PEG 6000, SODIUM CHLORIDE, CALCIUM CHLORIDE, TRIS, GLYCINE, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Oubrie, A., (1999) J.Mol.Biol., 289, 319.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
20.1 mMPQQ1drop
38 %(w/v)PEG60001drop
450 mMTris-glycine1drop
520-23 %(w/v)PEG60001reservoir
6120 mM1reservoirNaCl
73 mM1reservoirCaCl2
850 mMTris-glycine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9475
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9475 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 142076 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / % possible all: 91.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 580379
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
精密化解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 6953 -RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 139010 95.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7040 0 66 891 7997
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'REFMAC+X-PLOR3.843' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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