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万見
- PDB-1cr5: N-TERMINAL DOMAIN OF SEC18P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cr5
タイトルN-TERMINAL DOMAIN OF SEC18P
要素SEC18P (RESIDUES 22 - 210)
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / DOUBLE-PSI BETA BARREL / VESICLE FUSION / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / vesicle fusion with Golgi apparatus / Intra-Golgi traffic / vacuole fusion, non-autophagic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-mediated vesicle transport / SNARE complex disassembly / phosphatidic acid binding ...inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / vesicle fusion with Golgi apparatus / Intra-Golgi traffic / vacuole fusion, non-autophagic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-mediated vesicle transport / SNARE complex disassembly / phosphatidic acid binding / intra-Golgi vesicle-mediated transport / mating projection tip / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi stack / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / SNARE binding / macroautophagy / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vesicle-fusing ATPase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 ...Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Vesicle-fusing ATPase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHYL-PYRROLIDINE-2,5-DIONE / Vesicular-fusion protein SEC18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Babor, S.M. / Fass, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the Sec18p N-terminal domain.
著者: Babor, S.M. / Fass, D.
履歴
登録1999年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC18P (RESIDUES 22 - 210)
B: SEC18P (RESIDUES 22 - 210)
C: SEC18P (RESIDUES 22 - 210)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7359
ポリマ－63,9723
非ポリマー7636
水4,864270
1
A: SEC18P (RESIDUES 22 - 210)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5783
ポリマ－21,3241
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SEC18P (RESIDUES 22 - 210)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5783
ポリマ－21,3241
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SEC18P (RESIDUES 22 - 210)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5783
ポリマ－21,3241
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.710, 32.140, 94.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SEC18P (RESIDUES 22 - 210)


分子量: 21323.959 Da / 分子数: 3 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18759
#2: 化合物
ChemComp-NEN / 1-ETHYL-PYRROLIDINE-2,5-DIONE


分子量: 127.141 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 8000, sodium phosphate, dimethyl sulfoxide, ATP, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
結晶化
*PLUS
pH: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMsodium phosphate1drop
210 mg/mlprotein1drop
350 mMsodium phosphate1reservoir
45-10 %DMSO1reservoir
55 %PEG80001reservoir
65 mMATP1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 22632 / Num. obs: 22366 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Num. unique all: 2200 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 176811 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1547 -random
Rwork0.23 ---
all-22661 --
obs-22187 97.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4231 0 54 270 4555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.344
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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