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- PDB-1cqs: CRYSTAL STRUCTURE OF D103E MUTANT WITH EQUILENINEOF KSI IN PSEUDO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cqs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF D103E MUTANT WITH EQUILENINEOF KSI IN PSEUDOMONAS PUTIDA
要素PROTEIN : KETOSTEROID ISOMERASE
キーワードISOMERASE / KSI / EQUILENIN / PUTIDA LBHB
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EQUILENIN / Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Choi, G. / Ha, N.C. / Kim, S.W. / Kim, D.H. / Park, S. / Oh, B.H. / Choi, K.Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Asp-99 donates a hydrogen bond not to Tyr-14 but to the steroid directly in the catalytic mechanism of Delta 5-3-ketosteroid isomerase from Pseudomonas putida biotype B
著者: Choi, G. / Ha, N.C. / Kim, S.W. / Kim, D.H. / Park, S. / Oh, B.H. / Choi, K.Y.
履歴
登録1999年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN : KETOSTEROID ISOMERASE
B: PROTEIN : KETOSTEROID ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6564
ポリマ－29,1232
非ポリマー5332
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.257, 72.081, 51.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer of the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN : KETOSTEROID ISOMERASE


分子量: 14561.542 Da / 分子数: 2 / 断片: KSI MUTANT / 変異: D103E,D40N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-EQU / EQUILENIN / エキレニン


分子量: 266.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Sodium Acetate, Ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-Cl1droppH7.0
320 mMbeta-mercaptoethanol1drop
41.1 Mammonium acetate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 25370 / Num. obs: 21961 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Num. unique all: 1883 / % possible all: 75.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1099 -RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.204 25370 --
obs0.204 21971 5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 40 76 2040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.79
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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