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万見
- PDB-1cp4: FORMATION, CRYSTAL STRUCTURE, AND REARRANGEMENT OF A CYTOCHROME P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cp4
タイトルFORMATION, CRYSTAL STRUCTURE, AND REARRANGEMENT OF A CYTOCHROME P450-CAM IRON-PHENYL COMPLEX
要素CYTOCHROME P450-CAM
キーワードOXIDOREDUCTASE(OXYGENASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZENE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Raag, R. / Poulos, T.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Formation, crystal structure, and rearrangement of a cytochrome P-450cam iron-phenyl complex.
著者: Raag, R. / Swanson, B.A. / Poulos, T.L. / Ortiz de Montellano, P.R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray Crystallographic Structural Studies of Cytochrome P450-Cam+
著者: Raag, R. / Poulos, T.L.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Crystal Structures of Cytochrome P450-Cam Complexed with Camphane, Thiocamphor, and Adamantane: Factors Controlling P450 Substrate Hydroxylation
著者: Raag, R. / Poulos, T.L.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of the Carbon Monoxy-Substrate-Cytochrome P450-Cam Ternary Complex
著者: Raag, R. / Poulos, T.L.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: The Structural Basis for Substrate-Induced Changes in Redox Potential and Spin Equilibrium in Cytochrome P450(Cam)
著者: Raag, R. / Poulos, T.L.
履歴
登録1991年6月4日処理サイト: BNL
改定 1.01993年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450-CAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2833
ポリマ－46,5891
非ポリマー6952
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.670, 103.900, 36.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO 89, PRO 100, AND PRO 106 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450-CAM


分子量: 46588.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-BNZ / BENZENE / ベンゼン


分子量: 78.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化
*PLUS
温度: 12-15 ℃ / 手法: batch method / 詳細: took Poulos et al., 1982 from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.05 mlprotein11
20.05 mlammonium sulfate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.87 Å / % possible obs: 55 % / Num. measured all: 128716 / Rmerge(I) obs: 0.074

-
解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.199 / 最高解像度: 1.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3215 0 43 209 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.031
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 27666 / Num. reflection obs: 20765 / Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_dihedral_angle_d / Dev ideal: 0.036

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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