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万見
- PDB-1cma: MET REPRESSOR/DNA COMPLEX + S-ADENOSYL-METHIONINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cma
タイトルMET REPRESSOR/DNA COMPLEX + S-ADENOSYL-METHIONINE
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3')
  • PROTEIN (MET REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine biosynthetic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MET Apo-Repressor, subunit A / MET Apo-Repressor, subunit A / Methionine repressor MetJ / Methionine repressor MetJ domain superfamily / Met Apo-repressor, MetJ / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA / Met repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Somers, W.S. / Phillips, S.E.V.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of the met repressor-operator complex at 2.8 A resolution reveals DNA recognition by beta-strands.
著者: Somers, W.S. / Phillips, S.E.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Three-Dimensional Crystal Structures of Escherichia Coli met Repressor with and without Corepressor
著者: Rafferty, J.B. / Somers, W.S. / Saint-Girons, I. / Phillips, S.E.V.
履歴
登録1992年8月24日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (MET REPRESSOR)
B: PROTEIN (MET REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6276
ポリマ－29,8304
非ポリマー7972
水64936
1
C: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (MET REPRESSOR)
B: PROTEIN (MET REPRESSOR)
ヘテロ分子

C: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (MET REPRESSOR)
B: PROTEIN (MET REPRESSOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,25412
ポリマ－59,6608
非ポリマー1,5944
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.350, 121.350, 84.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3035.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量: 2739.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (MET REPRESSOR)


分子量: 12027.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8U6
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NA CACODYLATE11
4NA AZIDE11
5CACL211
6NACL11
7SAM11
8WATER12
9MPD12
10NA CACODYLATE12
11NA AZIDE12
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mloligonucleotide1drop
29 mg/mlprotein1drop
322 mMcalcium chloride1drop
410 mMsodium cacodylate1drop
56 mMsodium chloride1drop
61 mg/mlSAM1drop
710 mMsodium cacodylate1reservoir
81 mMsodium azaid1reservoir
935 %(v/v)1reservoir
101
111

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6
検出器タイプ: ARNDT-WONACOTT / 検出器: OSCILLATION CAMERA
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 8856
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 97.7 % / Num. measured all: 33481 / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→10 Å /
Rfactor反射数
obs0.22 8856
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 386 54 36 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_it6.6
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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