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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1clv | |||||||||
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タイトル | YELLOW MEAL WORM ALPHA-AMYLASE IN COMPLEX WITH THE AMARANTH ALPHA-AMYLASE INHIBITOR | |||||||||
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![]() | HYDROLASE / INSECT ALPHA-AMYLASE INHIBITOR / AMARANTHUS HYPOCHONDRIACUS / YELLOW MEAL WORM / KNOTTIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-amylase inhibitor activity / alpha-amylase / carbohydrate catabolic process / alpha-amylase activity / chloride ion binding / endopeptidase inhibitor activity / calcium ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pereira, P.J.B. / Lozanov, V. / Patthy, A. / Huber, R. / Bode, W. / Pongor, S. / Strobl, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Specific inhibition of insect alpha-amylases: yellow meal worm alpha-amylase in complex with the amaranth alpha-amylase inhibitor at 2.0 A resolution. 著者: Pereira, P.J. / Lozanov, V. / Patthy, A. / Huber, R. / Bode, W. / Pongor, S. / Strobl, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 372.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jaeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51263.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P56634, alpha-amylase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3595.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NATURALLY FOUND IN AMARANTHUS HYPOCHONDRIACUS (PRINCE'S FEATHER). 参照: UniProt: P80403 |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUE 1 IN THE PDB ENTRY IS A PYROGLUTAM |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.4 / 詳細: 12% PEG 1000, 12% PEG 8000, pH 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 33598 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.135 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.339 / % possible all: 68.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 279403 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JAE 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 32857 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.161 / Rfactor Rfree: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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