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- PDB-1clf: CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM FERREDOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1clf
タイトルCLOSTRIDIUM PASTEURIANUM FERREDOXIN
要素FERREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSFER (IRON-SULFUR PROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
7Fe ferredoxin / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S binding domain / : / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits ...7Fe ferredoxin / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S binding domain / : / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Bertini, I. / Donaire, A. / Feinberg, B.A. / Luchinat, C. / Piccioli, M. / Yuan, H.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Solution structure of the oxidized 2[4Fe-4S] ferredoxin from Clostridium pasteurianum.
著者: Bertini, I. / Donaire, A. / Feinberg, B.A. / Luchinat, C. / Piccioli, M. / Yuan, H.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1994
タイトル: The Fe4S4 Centers in Ferredoxins Studied Through Proton and Carbon Hyperfine Coupling. Sequence Specific Assignments of Cysteines in Ferredoxins from Clostridium Acidi Urici and Clostridium Pasteurianum
著者: Bertini, I. / Cappozzi, F. / Luchinat, C. / Piccioli, M. / Vila, A.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Comparison of Native and Mutant Proteins Provides a Sequence-Specific Assignment of the Cysteinyl Ligand Proton NMR Resonances in the 2[Fe4S4] Ferredoxin from Clostridium Pasteurianum
著者: Scrofani, S.D.B. / Brereton, P.S. / Hamer, A.M. / Lavery, M.J. / Mcdowall, S.G. / Vincent, G.A. / Brownlee, R.T.C. / Hoogenraad, N.J. / Sadek, M. / Wedd, A.G.
#3: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 1972
タイトル: Preparation and Properties of Clostridial Ferredoxins
著者: Rabinowitz, J.
履歴
登録1995年6月21日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2033
ポリマ－5,5001
非ポリマー7032
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: VAL 53 - GLN 54 MODEL 1 OMEGA = 221.48 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: GLN 54 - GLU 55 MODEL 1 OMEGA = 146.66 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: VAL 53 - GLN 54 MODEL 2 OMEGA = 211.62 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: TYR 2 - LYS 3 MODEL 3 OMEGA = 146.71 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: VAL 53 - GLN 54 MODEL 3 OMEGA = 215.45 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: TYR 2 - LYS 3 MODEL 4 OMEGA = 135.35 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: VAL 53 - GLN 54 MODEL 4 OMEGA = 216.57 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
8: TYR 2 - LYS 3 MODEL 5 OMEGA = 143.38 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
9: LYS 3 - ILE 4 MODEL 5 OMEGA = 147.43 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
10: GLY 41 - ASN 42 MODEL 5 OMEGA = 212.47 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
11: VAL 53 - GLN 54 MODEL 5 OMEGA = 220.84 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
12: GLN 54 - GLU 55 MODEL 5 OMEGA = 135.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
13: TYR 2 - LYS 3 MODEL 6 OMEGA = 144.67 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
14: LYS 3 - ILE 4 MODEL 6 OMEGA = 146.53 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
15: GLY 41 - ASN 42 MODEL 6 OMEGA = 212.28 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
16: VAL 53 - GLN 54 MODEL 6 OMEGA = 235.88 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
17: TYR 2 - LYS 3 MODEL 7 OMEGA = 140.71 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
18: VAL 53 - GLN 54 MODEL 7 OMEGA = 263.66 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
19: TYR 2 - LYS 3 MODEL 8 OMEGA = 141.08 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
20: VAL 53 - GLN 54 MODEL 8 OMEGA = 238.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
21: ALA 1 - TYR 2 MODEL 9 OMEGA = 142.99 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
22: VAL 53 - GLN 54 MODEL 9 OMEGA = 241.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
23: TYR 2 - LYS 3 MODEL 10 OMEGA = 145.78 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
24: VAL 53 - GLN 54 MODEL 10 OMEGA = 227.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
25: GLN 54 - GLU 55 MODEL 10 OMEGA = 131.81 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
26: VAL 53 - GLN 54 MODEL 11 OMEGA = 231.51 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
27: TYR 2 - LYS 3 MODEL 12 OMEGA = 149.84 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
28: VAL 53 - GLN 54 MODEL 12 OMEGA = 229.62 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
29: TYR 2 - LYS 3 MODEL 13 OMEGA = 148.48 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
30: VAL 53 - GLN 54 MODEL 13 OMEGA = 226.49 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
31: GLN 54 - GLU 55 MODEL 13 OMEGA = 144.75 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
32: TYR 2 - LYS 3 MODEL 14 OMEGA = 145.89 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
33: LYS 3 - ILE 4 MODEL 14 OMEGA = 148.07 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
34: VAL 53 - GLN 54 MODEL 14 OMEGA = 231.16 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
35: TYR 2 - LYS 3 MODEL 15 OMEGA = 144.88 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
36: VAL 53 - GLN 54 MODEL 15 OMEGA = 246.86 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
37: TYR 2 - LYS 3 MODEL 16 OMEGA = 146.32 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
38: VAL 53 - GLN 54 MODEL 16 OMEGA = 226.46 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
39: GLN 54 - GLU 55 MODEL 16 OMEGA = 144.95 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN


分子量: 5500.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium pasteurianum (バクテリア) / 株: WINOGRADSKY / 参照: UniProt: P00195
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DIANAGUNTERT,BRAUN,WUTHRICH精密化
Amber4PEARLMAN,CASE,CALDWELL,SIEBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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