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万見
- PDB-1cld: DNA-binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cld
タイトルDNA-binding protein
要素CD2-LAC9
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / ZINC-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose metabolic process / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / : / Fungal specific transcription factor domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. ...Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / : / Fungal specific transcription factor domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lactose regulatory protein LAC9
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法溶液NMR
データ登録者Gardner, K.H. / Coleman, J.E.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Solution structure of the Kluyveromyces lactis LAC9 Cd2 Cys6 DNA-binding domain.
著者: Gardner, K.H. / Anderson, S.F. / Coleman, J.E.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1994
タイトル: 113Cd-1H Heterotocsy: A Method for Determining Metal-Protein Connectivities
著者: Gardner, K.H. / Coleman, J.E.
履歴
登録1995年6月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD2-LAC9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3303
ポリマ－7,1051
非ポリマー2252
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 1 / 2: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 2 / 3: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 3 / 4: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 4 / 5: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 5 / 6: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 6 / 7: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 7 / 8: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 8 / 9: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 9 / 10: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 10 / 11: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 11 / 12: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 12 / 13: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 13 / 14: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 14 / 15: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 15 / 16: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 16 / 17: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 17 / 18: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 18 / 19: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 19 / 20: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 20 / 21: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 21 / 22: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 22 / 23: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 23 / 24: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 24 / 25: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 25 / 26: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 26 / 27: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 27 / 28: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 28 / 29: CIS PROLINE - PRO 110 MODEL 29
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)29 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CD2-LAC9


分子量: 7105.403 Da / 分子数: 1 / 変異: INITIATOR MET / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08657
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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