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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ck1 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C3 | ||||||
要素 | PROTEIN (ENTEROTOXIN TYPE C-3) | ||||||
キーワード | TOXIN / STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN / SUPERANTIGEN / ZINC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chi, Y.-I. / Bohach, G.A. / Stauffacher, C.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Zinc-mediated dimerization and its effect on activity and conformation of staphylococcal enterotoxin type C. 著者: Chi, Y.I. / Sadler, I. / Jablonski, L.M. / Callantine, S.D. / Deobald, C.F. / Stauffacher, C.V. / Bohach, G.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ck1.cif.gz | 61.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ck1.ent.gz | 45.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ck1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ck1_validation.pdf.gz | 412.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ck1_full_validation.pdf.gz | 414.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ck1_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ck1_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1ck1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1ck1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27664.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Secretion: GROWING MEDIA / 株: FRI-909 / 参照: UniProt: Q06535 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEC3 ISOFORM PURIFIED FROM STRAIN FRI209. THE SEQUENCE OF THIS PROTIEN IS NOT AVAILABLE IN SEQUENCE DATABASE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 100MM PHOSPHATE (PH7.4) 2.4M AMMONIUM SULFATE 1.25% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 and 37 ℃ / pH: 8.5 / 詳細: Bohach, G.A., (1992) Proteins, 13, 152. | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 275 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年4月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 8889 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.112 / % possible all: 76.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MIRAS-SOLVED IDENTICAL STRUCTURE IN A DIFFERENT CRYSTAL SETTING 解像度: 2.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 42922 / Num. reflection Rfree: 2268 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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