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- PDB-1cit: DNA-BINDING MECHANISM OF THE MONOMERIC ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cit
タイトルDNA-BINDING MECHANISM OF THE MONOMERIC ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
  • PROTEIN (ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR / EARLY IMMEDIATE RESPONSE GENE PRODUCT / TRANSCRIPTION FACTOR / MONOMERIC PROTEIN-DNA COMPLEX / MINOR GROOVE INTERACTIONS / PROTEIN/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


AKT phosphorylates targets in the nucleus / neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / endothelial cell chemotaxis / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear glucocorticoid receptor binding / : ...AKT phosphorylates targets in the nucleus / neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / endothelial cell chemotaxis / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear glucocorticoid receptor binding / : / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis / transcription factor binding / fat cell differentiation / skeletal muscle cell differentiation / negative regulation of cell cycle / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / response to electrical stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to amphetamine / lipopolysaccharide binding / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / presynapse / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Meinke, G. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: DNA-binding mechanism of the monomeric orphan nuclear receptor NGFI-B.
著者: Meinke, G. / Sigler, P.B.
履歴
登録1999年4月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
A: PROTEIN (ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0275
ポリマ－19,8963
非ポリマー1312
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.420, 34.240, 56.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4932.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 4865.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B) / NGFI-B


分子量: 10098.962 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA-BINDING DOMAIN AND C-TERMINAL EXTENSION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: NUCLEUS / 器官: BRAIN / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22829
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN/DNA COMPLEX CRYSTALS WERE GROWN USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD AT 27 DEGREES CELSIUS. THE RESEVOIR CONTAINS 50 MM MORPHOLINO-SULFONIC ACID PH7.0, 250MM AMMONIUM CHLORIDE, 30 % PEG ...詳細: PROTEIN/DNA COMPLEX CRYSTALS WERE GROWN USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD AT 27 DEGREES CELSIUS. THE RESEVOIR CONTAINS 50 MM MORPHOLINO-SULFONIC ACID PH7.0, 250MM AMMONIUM CHLORIDE, 30 % PEG 4000, 5 MM DTT. THE DROPS CONTAINED A 1:1 RATIO OF PROTEIN-COMPLEX TO RESEVOIR.
結晶化
*PLUS
温度: 27 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of 1:1 mixture of well and protein solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
350 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
550 mMMops1reservoir
60.25 M1reservoirNH4Cl
729-30 %PEG40001reservoir
85 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→18 Å / Num. obs: 5200 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 80.3 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.368

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
MLPHARE位相決定
CNS0.5精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HCQ

1hcq


解像度: 2.7→18 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high rms absF: 401381.9 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 568 10.9 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs-5200 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数690 650 2 38 1380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.342.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 97 11 %
Rwork0.35 787 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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