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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1chz | ||||||
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タイトル | A NEW NEUROTOXIN FROM BUTHUS MARTENSII KARSCH | ||||||
要素 | PROTEIN (BMK M2) | ||||||
キーワード | TOXIN / NEUROTOXIN / SCORPION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium channel inhibitor activity / : / defense response / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mesobuthus martensii (サソリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | He, X.L. / Deng, J.P. / Li, H.M. / Wang, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Structure of a new neurotoxin from the scorpion Buthus martensii Karsch at 1.76 A. 著者: He, X.L. / Deng, J.P. / Wang, M. / Zhang, Y. / Wang, D.C. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of an acidic neurotoxin from scorpion Buthus martensii Karsch at 1.85 A resolution. 著者: Li, H.M. / Wang, D.C. / Zeng, Z.H. / Jin, L. / Hu, R.Q. #2: ジャーナル: Zool.Res.Sinica. / 年: 1989 タイトル: Purification and Partial Characterization of Several New Nerotoxins from East- Asia Scorpion 著者: Hu, R.Q. / Wang, M. / Liu, J.N. / Lei, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1chz.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1chz.ent.gz | 16.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1chz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/1chz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/1chz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1snbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7222.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 器官: TAIL / 組織: GLAND / 参照: UniProt: P58488 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→20 Å / Num. obs: 5004 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.82 Å / % possible all: 55.3 |
反射 | *PLUS % possible obs: 90 % / Num. measured all: 11634 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SNB 解像度: 1.76→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 1.0E-5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.82 Å / Total num. of bins used: 10 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.364 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.3 |