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- PDB-1chv: ELUCIDATION OF THE SOLUTION STRUCTURE OF CARDIOTOXIN ANALOGUE V F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1chv
タイトルELUCIDATION OF THE SOLUTION STRUCTURE OF CARDIOTOXIN ANALOGUE V FROM THE TAIWAN COBRA (NAJA NAJA ATRA) VENOM
要素PROTEIN (CARDIOTOXIN ANALOGUE V)
キーワードTOXIN / CARDIOTOXINS / CYTOTOXINS
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / ion channel regulator activity / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Naja atra (タイワンコブラ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Jayaraman, G. / Kumar, T.K.S. / Tsai, C.C. / Yu, C.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Elucidation of the solution structure of cardiotoxin analogue V from the Taiwan cobra (Naja naja atra)--identification of structural features important for the lethal action of snake venom cardiotoxins
著者: Jayaraman, G. / Kumar, T.K.S. / Tsai, C.C. / Chou, S.H. / Ho, C.L. / Yu, C.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 1997
タイトル: Cardiotoxin-like basic protein (CLBP) from Naja naja atra is not a cardiotoxin.
著者: Sivaraman, T. / Kumar, T.K. / Yang, P.W. / Yu, C.
#2: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1997
タイトル: Snake venom cardiotoxins-structure, dynamics, function and folding.
著者: Kumar, T.K. / Jayaraman, G. / Lee, C.S. / Arunkumar, A.I. / Sivaraman, T. / Samuel, D. / Yu, C.
#3: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1995
タイトル: Sequence comparison and computer modelling of cardiotoxins and cobrotoxin isolated from Taiwan cobra.
著者: Chiou, S.H. / Hung, C.C. / Huang, H.C. / Chen, S.T. / Wang, K.T. / Yang, C.C.
#4: ジャーナル: Biochem.Int. / 年: 1985
タイトル: Amino acid sequence of a cardiotoxin-like basic polypeptide (CLBP) with low cytotoxic activity isolated from the venom of the Formosan cobra (Naja naja atra).
著者: Takechi, M. / Tanaka, Y. / Hayashi, K.
履歴
登録1999年3月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: PROTEIN (CARDIOTOXIN ANALOGUE V)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8211
ポリマ－6,8211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CARDIOTOXIN ANALOGUE V)


分子量: 6821.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CTX V OBTAINED FROM THE SNAKE (NAJA NAJA ATRA) VENOM
由来: (天然) Naja atra (タイワンコブラ) / 参照: UniProt: P07525
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121TOCSY
131NOESY
NMR実験の詳細Text: MEAN STRUCTURE. NULL

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試料調製

詳細内容: 90% H2O AND 10% D2O
試料状態pH: 3 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORNILGES,KUSEWSKI,BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINE.INP
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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