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- PDB-1chd: CHEB METHYLESTERASE DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1chd
タイトルCHEB METHYLESTERASE DOMAIN
要素CHEB METHYLESTERASE
キーワードCARBOXYL METHYLESTERASE / CHEMOTAXIS PROTEIN / SERINE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamate methylesterase / protein-glutamate methylesterase activity / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / phosphorelay response regulator activity / chemotaxis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylesterase CheB, C-terminal domain / Signal transduction response regulator, chemotaxis, protein-glutamate methylesterase / Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase, CheB type / Methylesterase CheB, C-terminal / CheB methylesterase / CheB-type methylesterase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Methylesterase CheB, C-terminal domain / Signal transduction response regulator, chemotaxis, protein-glutamate methylesterase / Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase, CheB type / Methylesterase CheB, C-terminal / CheB methylesterase / CheB-type methylesterase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者West, A.H. / Martinez-Hackert, E. / Stock, A.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of the chemotaxis receptor methylesterase, CheB.
著者: West, A.H. / Martinez-Hackert, E. / Stock, A.M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Purification, Crystallization, and Preliminary X-Ray Diffraction Analyses of the Bacterial Chemotaxis Receptor Modifying Enzymes
著者: West, A.H. / Djordjevic, S. / Martinez-Hackert, E. / Stock, A.M.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1992
タイトル: Evidence that the Methylesterase of Bacterial Chemotaxis May be a Serine Hydrolase
著者: Krueger, J.K. / Stock, J. / Schutt, C.E.
#3: ジャーナル: Annu.Rev.Biophys.Biophys.Chem. / 年: 1991
タイトル: Bacterial Chemotaxis and the Molecular Logic of Intracellular Signal Transduction Networks
著者: Stock, J.B. / Lukat, G.S. / Stock, A.M.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Multiple Forms of the Cheb Methylesterase in Bacterial Chemosensing
著者: Simms, S.A. / Keane, M.G. / Stock, J.
履歴
登録1995年3月9日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX HELIX DETERMINATION METHOD: H BONDS, DIHEDRAL ANGLES, KABSCH AND SANDER ALGORITHM, AND VISUAL ...HELIX HELIX DETERMINATION METHOD: H BONDS, DIHEDRAL ANGLES, KABSCH AND SANDER ALGORITHM, AND VISUAL INSPECTION HELIX_ID: L1,PART OF CONNECTING LOOP BETWEEN BETA STRAND 2 AND HELIX B. HELIX_ID: L2,PART OF CONNECTING LOOP BETWEEN BETA STRAND 6 AND HELIX C. HELIX_ID: L3,PART OF CONNECTING LOOP BETWEEN BETA STRAND 9 AND HELIX F. HELIX_ID: L4,PART OF CONNECTING LOOP BETWEEN BETA STRAND 8 AND HELIX E.
Remark 700SHEET SHEET SHEET_ID: SH1, H BONDS, DIHEDRAL ANGLES, KABSCH AND SANDER ALGORITHM, AND VISUAL ...SHEET SHEET SHEET_ID: SH1, H BONDS, DIHEDRAL ANGLES, KABSCH AND SANDER ALGORITHM, AND VISUAL INSPECTION. CENTRAL PARALLEL BETA SHEET. SHEET_ID: SH2, ANTIPARALLEL BETA MOTIF THAT FLANKS ONE SIDE OF THE CENTRAL SEVEN-STRANDED BETA SHEET.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEB METHYLESTERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4581
ポリマ－21,4581
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.380, 63.380, 87.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 258

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要素

#1: タンパク質 CHEB METHYLESTERASE


分子量: 21457.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: CHEB / プラスミド: PCP1 (PUC12 VECTOR) / 遺伝子 (発現宿主): CHEB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: P04042, protein-glutamate methylesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TURN TURN TYPES CLASSIFIED ACCORDING TO RICHARDSON, J.S (1981) ADVAN. PROT. CHEM., 34, 167-340.
由来についての詳細MOLECULE_NAME: CHEB METHYLESTERASE DOMAIN. DETAILS OF CONSTRUCTION OF EXPRESSION PLASMID AND ...MOLECULE_NAME: CHEB METHYLESTERASE DOMAIN. DETAILS OF CONSTRUCTION OF EXPRESSION PLASMID AND PROTEIN PURIFICATION ARE DESCRIBED IN WEST, A.H. ET AL. (1995) PROTEINS: STR. FUNC. GENET., IN PRESS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.0-1.2 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoir
312 %(v/v)glycerol1reservoir
41.4 mM2-mercaptoethanol1reservoir
55 mM1reservoirNaN3

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年8月16日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 19729 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045
反射
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.3 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.75→8 Å / σ(F): 0
詳細: UNUSUAL DIHEDRAL ANGLES (PHI= -140.17 AND PSI= -120.83) ARE OBSERVED FOR SER 164 WHICH MAY ACCOUNT FOR THE CLOSE CONTACT AS AN ACTIVE SITE RESIDUE AND IS PROPOSED TO BE INVOLVED IN THE ...詳細: UNUSUAL DIHEDRAL ANGLES (PHI= -140.17 AND PSI= -120.83) ARE OBSERVED FOR SER 164 WHICH MAY ACCOUNT FOR THE CLOSE CONTACT AS AN ACTIVE SITE RESIDUE AND IS PROPOSED TO BE INVOLVED IN THE CATALYSIS OF METHYL ESTER HYDROLYSIS. PHI/PSI ANGLES THAT LIE OUTSIDE THE EXPECTED RANGE HAVE BEEN OBSERVED FOR MANY OTHER ACTIVE SITE SERINE NUCLEOPHILES IN HYDROLYTIC ENZYMES OF THIS CLASS.
Rfactor反射数
Rfree0.23 -
obs0.182 16951
原子変位パラメータBiso mean: 13.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1469 0 0 123 1592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it0.4011
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it0.6821.5
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it0.7041
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it1.1521.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: ARP/PROLSQ/X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.02
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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