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- PDB-1ch4: MODULE-SUBSTITUTED CHIMERA HEMOGLOBIN BETA-ALPHA (F133V) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ch4
タイトルMODULE-SUBSTITUTED CHIMERA HEMOGLOBIN BETA-ALPHA (F133V)
要素MODULE-SUBSTITUTED CHIMERA HEMOGLOBIN BETA-ALPHA
キーワードOXYGEN TRANSPORT / CHIMERA PROTEIN / RESPIRATORY PROTEIN / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shirai, T. / Fujikake, M. / Yamane, T. / Inaba, K. / Ishimori, K. / Morishima, I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a protein with an artificial exon-shuffling, module M4-substituted chimera hemoglobin beta alpha, at 2.5 A resolution.
著者: Shirai, T. / Fujikake, M. / Yamane, T. / Inaba, K. / Ishimori, K. / Morishima, I.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1998
タイトル: Design, Construction, Crystallization, and Preliminary X-Ray Studies of a Fine-Tuning Mutant (F133V) of Module-Substituted Chimera Hemoglobin
著者: Shirai, T. / Fujikake, M. / Yamane, T. / Inaba, K. / Ishimori, K. / Morishima, I.
履歴
登録1998年6月11日処理サイト: BNL
改定 1.01999年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MODULE-SUBSTITUTED CHIMERA HEMOGLOBIN BETA-ALPHA
B: MODULE-SUBSTITUTED CHIMERA HEMOGLOBIN BETA-ALPHA
C: MODULE-SUBSTITUTED CHIMERA HEMOGLOBIN BETA-ALPHA
D: MODULE-SUBSTITUTED CHIMERA HEMOGLOBIN BETA-ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,82712
ポリマ－63,2494
非ポリマー2,5788
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12980 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.870, 81.310, 55.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.908143, -0.144029, -0.393105), (-0.137863, -0.783712, 0.605631), (-0.39531, 0.604194, 0.691867)
ベクター: 36.64821, -4.80501, 10.26913)
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT IS THE CHIMERA-TETRAMER.

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要素

#1: タンパク質
MODULE-SUBSTITUTED CHIMERA HEMOGLOBIN BETA-ALPHA


分子量: 15812.229 Da / 分子数: 4 / 変異: F133V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P68871*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Shirai, T., (1998) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 32, 263.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 Msodium potassium phosphate1reservoir
30.600 mMprotein1drop
450 mMsodium phosphate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 17766 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 82.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CN-HEMOGLOBIN H

解像度: 2.5→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
詳細: THIS PROTEIN WAS CONSTRUCTED BY REPLACING MODULE M4, 97(FG4)-146(HC3), OF BETA-SUBUNIT OF HUMAN HEMOGLOBIN WITH THE CORRESPONDING REGION, 92(FG4)-141(HC3), OF THE ALPHA-SUBUNIT. A POINT ...詳細: THIS PROTEIN WAS CONSTRUCTED BY REPLACING MODULE M4, 97(FG4)-146(HC3), OF BETA-SUBUNIT OF HUMAN HEMOGLOBIN WITH THE CORRESPONDING REGION, 92(FG4)-141(HC3), OF THE ALPHA-SUBUNIT. A POINT MUTATION F133V(H11) WAS INTRODUCED TO INCREASE THE STABILITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 787 5 %RANDAM
Rwork0.188 ---
obs0.188 15212 81.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4528 0 180 42 4750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.646
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.475
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.906
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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