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- PDB-1ch0: RNASE T1 VARIANT WITH ALTERED GUANINE BINDING SEGMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ch0
タイトルRNASE T1 VARIANT WITH ALTERED GUANINE BINDING SEGMENT
要素PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hoeschler, K. / Hoier, H. / Orth, P. / Hubner, B. / Saenger, W. / Hahn, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural analysis of an RNase T1 variant with an altered guanine binding segment.
著者: Hoschler, K. / Hoier, H. / Hubner, B. / Saenger, W. / Orth, P. / Hahn, U.
履歴
登録1999年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
B: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
C: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,35410
ポリマ－33,4313
非ポリマー9227
水2,594144
1
A: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5473
ポリマ－11,1441
非ポリマー4032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1842
ポリマ－11,1441
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6235
ポリマ－11,1441
非ポリマー4794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.820, 48.850, 158.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.45979, 0.88686, -0.04563), (-0.88387, 0.462, 0.07306), (0.08587, 0.00673, 0.99628)-17.87701, 18.95935, -27.22359
2given(-0.6148, 0.77397, 0.15162), (-0.78022, -0.62494, 0.02643), (0.11521, -0.10205, 0.98808)-13.5807, 47.96136, -51.07716

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)


分子量: 11143.771 Da / 分子数: 3 / 変異: Q25K, K41E, Y42F, N43R, Y45W, E46Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): PA2T1 (QUAAS EUR. J. BIOCHEM. V.173 PP.617-622)
参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-2GP / GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN USED IN THIS STUDY IS THE ISOZYME OF RIBONUCLEASE T1 WHERE A LYSINE RESIDUE REPLACES ...THE PROTEIN USED IN THIS STUDY IS THE ISOZYME OF RIBONUCLEASE T1 WHERE A LYSINE RESIDUE REPLACES GLUTAMINE 25 OF THE SEQUENCED RIBONUCLEASE T1 (K.TAKAHASHI, J.BIOCHEM.,V. 98, P. 815, 1985).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化pH: 7.7
詳細: HANGING DROP CONTAINING 2.5 MG/ML RNASE T1, 2.5 MG/ML 2GMP, 15% PEG MONOMETHYLETHER 5000, 50 MM TRIS/HCL (PH7.7), 50 MM MGCL2, 50 MM CACL2 AGAINST 30 % PEG MONOMETHYLETHER 5000, 100 MM ...詳細: HANGING DROP CONTAINING 2.5 MG/ML RNASE T1, 2.5 MG/ML 2GMP, 15% PEG MONOMETHYLETHER 5000, 50 MM TRIS/HCL (PH7.7), 50 MM MGCL2, 50 MM CACL2 AGAINST 30 % PEG MONOMETHYLETHER 5000, 100 MM TRIS/HCL (PH7.7), 100 MM MGCL2, 100 MM CACL2
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1dropin water
210 mg/ml2'-GMP1dropin water
330 %(w/v)mPEG50001reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoirpH7.7
5100 mM1reservoirMgCl2
6100 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.6 Å / Num. obs: 14434 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.14 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 9.04
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.115
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.396

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RNT

1rnt


解像度: 2.3→35.6 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: PARAMETER AND TOPOLOGY FILES FOR 2'GMP WERE OBTAINED FROM HTTP:// ALPHA2.BMC.UU.SE/HICUP/
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 812 5.6 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-14131 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.9 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2355 0 53 144 2552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.6821.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.6692
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.5372
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.6782.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 96 5.3 %
Rwork0.254 1636 -
obs--95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMPROTEIN.LINK
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION42GP_XPLOR_PAR.TXT2GP_XPLOR_TOP.TXT
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 35.6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.6 % / Rfactor obs: 0.241 / Rfactor Rfree: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 34.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.287 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.254

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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