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- PDB-1cgi: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE COMPLEXES BETWEEN BOVINE CHYMO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cgi
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE COMPLEXES BETWEEN BOVINE CHYMOTRYPSINOGEN*A AND TWO RECOMBINANT VARIANTS OF HUMAN PANCREATIC SECRETORY TRYPSIN INHIBITOR (KAZAL-TYPE)
要素
  • ALPHA-CHYMOTRYPSINOGEN
  • PANCREATIC SECRETORY TRYPSIN INHIBITOR (KAZAL TYPE) VARIANT 3
キーワードSERINE PROTEASE/INHIBITOR COMPLEX / SERINE PROTEASE-INHIBITOR COMPLEX / SERINE PROTEASE-INHIBITOR COMPLEX complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of pancreatic juice secretion / regulation of acrosome reaction / regulation of store-operated calcium entry / chymotrypsin / negative regulation of calcium ion import / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / cellular response to peptide hormone stimulus / endopeptidase inhibitor activity / sperm capacitation ...negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of pancreatic juice secretion / regulation of acrosome reaction / regulation of store-operated calcium entry / chymotrypsin / negative regulation of calcium ion import / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / cellular response to peptide hormone stimulus / endopeptidase inhibitor activity / sperm capacitation / positive regulation of peptide hormone secretion / nitric oxide mediated signal transduction / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / positive regulation of epithelial cell proliferation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to nutrient levels / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to ethanol / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsinogen A / Serine protease inhibitor Kazal-type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hecht, H.J. / Szardenings, M. / Collins, J. / Schomburg, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Three-dimensional structure of the complexes between bovine chymotrypsinogen A and two recombinant variants of human pancreatic secretory trypsin inhibitor (Kazal-type).
著者: Hecht, H.J. / Szardenings, M. / Collins, J. / Schomburg, D.
履歴
登録1991年10月8日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *AA* AND *BA* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *AA* AND *BA* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA BARRELS. THESE ARE REPRESENTED AS SEVEN-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ALPHA-CHYMOTRYPSINOGEN
I: PANCREATIC SECRETORY TRYPSIN INHIBITOR (KAZAL TYPE) VARIANT 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0332
ポリマ－32,0332
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.400, 84.400, 86.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-CHYMOTRYPSINOGEN


分子量: 25686.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00766
#2: タンパク質 PANCREATIC SECRETORY TRYPSIN INHIBITOR (KAZAL TYPE) VARIANT 3


分子量: 6347.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00995
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
210 mg/mlinhibitor1drop
350 mMTris-HCl1drop
41.4-1.6 Mammonium sulfate1reservoir
1enzyme1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 14528 / Num. obs: 10379 / % possible obs: 71.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 27079 / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.195 10379
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2239 0 0 52 2291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0560.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0590.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2691
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.3131.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.1581
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.0881.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1920.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2230.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3130.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3080.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.3123
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.4315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor25.6520
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 10379 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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