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- PDB-1cfn: ANTI-P24 (HIV-1) FAB FRAGMENT CB41 COMPLEXED WITH AN EPITOPE-RELA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cfn
タイトルANTI-P24 (HIV-1) FAB FRAGMENT CB41 COMPLEXED WITH AN EPITOPE-RELATED PEPTIDE
要素
  • PROTEIN (BOUND PEPTIDE)
  • PROTEIN (IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (LIGHT CHAIN))
  • PROTEIN (IGG2A-KAPPA ANTIBODY CB41 (HEAVY CHAIN))
キーワードPOLYSPECIFICITY / CROSS REACTIVITY / FAB-FRAGMENT / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / IgG immunoglobulin complex / B cell differentiation / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Keitel, T. / Kramer, A. / Wessner, H. / Scholz, C. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Crystallographic analysis of anti-p24 (HIV-1) monoclonal antibody cross-reactivity and polyspecificity.
著者: Keitel, T. / Kramer, A. / Wessner, H. / Scholz, C. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W.
履歴
登録1999年3月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年6月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_nat ...diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (LIGHT CHAIN))
B: PROTEIN (IGG2A-KAPPA ANTIBODY CB41 (HEAVY CHAIN))
C: PROTEIN (BOUND PEPTIDE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6273
ポリマ－47,6273
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.440, 105.440, 295.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (IGG2A KAPPA ANTIBODY CB41 (LIGHT CHAIN))


分子量: 23928.721 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: CB 4/1/1/F6 B-CELL HYBRIDOMA / 株: BALB/C
#2: 抗体 PROTEIN (IGG2A-KAPPA ANTIBODY CB41 (HEAVY CHAIN))


分子量: 22669.508 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: CB 4/1/1/F6 B-CELL HYBRIDOMA / 株: BALB/C
#3: タンパク質・ペプチド PROTEIN (BOUND PEPTIDE)


分子量: 1029.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.8 M (NH4)2 SO4, 0.1 M 3-(N- MORPHOLINO)-PROPANESULFONIC AC, pH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlFab1drop
21.8 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 M2-(N-morpholino)-propanesulfonic acid1reservoir
40.02 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→91 Å / Num. obs: 29821 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.107

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
CCP4精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HFL

2hfl
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.65→90 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 2039 7 %RANDOM
Rwork0.277 ---
all-26473 --
obs-26473 98 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→90 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3344 0 0 25 3369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5892
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.823
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6652
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.793
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.050.024
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.62
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1960.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor25.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor16.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor83.415
ソフトウェア
*PLUS
名称: CCP4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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