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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cfn | ||||||
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タイトル | ANTI-P24 (HIV-1) FAB FRAGMENT CB41 COMPLEXED WITH AN EPITOPE-RELATED PEPTIDE | ||||||
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![]() | POLYSPECIFICITY / CROSS REACTIVITY / FAB-FRAGMENT / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Keitel, T. / Kramer, A. / Wessner, H. / Scholz, C. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic analysis of anti-p24 (HIV-1) monoclonal antibody cross-reactivity and polyspecificity. 著者: Keitel, T. / Kramer, A. / Wessner, H. / Scholz, C. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 387.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 405.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23928.721 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 22669.508 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1029.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 1.8 M (NH4)2 SO4, 0.1 M 3-(N- MORPHOLINO)-PROPANESULFONIC AC, pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→91 Å / Num. obs: 29821 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.107 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2HFL ![]() 2hfl 解像度: 2.65→90 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→90 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |