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- PDB-1cf7: STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY THE HETERODIMERIC CELL CYC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cf7
タイトルSTRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY THE HETERODIMERIC CELL CYCLE TRANSCRIPTION FACTOR E2F-DP
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR DP-2)
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR E2F-4)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / E2F / DP / WINGED-HELIX / DNA-BINDING DOMAIN / TRANSCRIPTION FACTOR / CELL CYCLE / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


multi-ciliated epithelial cell differentiation / centriole assembly / motile cilium assembly / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cell volume homeostasis / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / blood circulation / Activation of PUMA and translocation to mitochondria ...multi-ciliated epithelial cell differentiation / centriole assembly / motile cilium assembly / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cell volume homeostasis / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / blood circulation / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA-binding transcription activator activity / epithelial cell development / transcription factor binding / G1/S-Specific Transcription / Transcriptional Regulation by E2F6 / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / G0 and Early G1 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / animal organ morphogenesis / promoter-specific chromatin binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / sequence-specific double-stranded DNA binding / mitotic spindle / regulation of cell population proliferation / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / protein dimerization activity / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain ...Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F transcription factor, CC-MB domain / E2F transcription factor CC-MB domain / E2F Family / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor Dp-2 / Transcription factor E2F4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zheng, N. / Fraenkel, E. / Pabo, C.O. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1999
タイトル: Structural basis of DNA recognition by the heterodimeric cell cycle transcription factor E2F-DP.
著者: Zheng, N. / Fraenkel, E. / Pabo, C.O. / Pavletich, N.P.
履歴
登録1999年3月24日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*A)-3')
A: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR E2F-4)
B: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR DP-2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9844
ポリマ－28,9844
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.300, 101.300, 73.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4886.160 Da / 分子数: 1 / 断片: ADENOVIRUS TYPE 5 E2 PROMOTER E2F-BINDING SITE / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4909.235 Da / 分子数: 1 / 断片: ADENOVIRUS TYPE 5 E2 PROMOTER E2F-BINDING SITE / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR E2F-4)


分子量: 8352.729 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-4T3 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16254
#4: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR DP-2)


分子量: 10836.347 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-4T3 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14188
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: 14-16% PEG 400, 25MM NACL, 50MM MES, 10MM DTT, PH=6.0, 4 DEGREES C, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2NACL11
3MES11
4DTT11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
127-32 %PEG4001reservoir
250 mM1reservoirNaCl
3100 mM1reservoir
420 mMdithiothreitol1reservoirpH6.0
50.3-0.6 mMternary complex1drop
620 mMBTP1drop
7100 mM1dropNaCl
85 mMdithiothreitol1drop
9300 mMammonium acetate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 127 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.1548
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 12901 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 5.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 41452 / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 0.3A / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.223 --
all-12057 -
obs-12057 96.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1185 615 0 75 1875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.75
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 0.3A / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.283
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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