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- PDB-1cel: THE THREE-DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cel
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF CELLOBIOHYDROLASE I FROM TRICHODERMA REESEI
要素1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I
キーワードHYDROLASE(O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose / 2-IODOBENZYLTHIO GROUP / Exoglucanase 1 / Exoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma reesei (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Divne, C. / Jones, T.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: The three-dimensional crystal structure of the catalytic core of cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei.
著者: Divne, C. / Stahlberg, J. / Reinikainen, T. / Ruohonen, L. / Pettersson, G. / Knowles, J.K. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies on the Core Proteins of Cellobiohydrolase I and Endoglucanase I from Trichoderma Reesei
著者: Divne, C. / Sinning, I. / Stahlberg, J. / Pettersson, G. / Bailey, M. / Siika-Aho, M. / Margolles-Clark, E. / Teeri, T. / Jones, T.A.
履歴
登録1994年5月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET EACH CHAIN CONTAINS TWO LARGE ANTI-PARALLEL BETA SHEETS THAT STACK FACE-TO-FACE TO FORM A ...SHEET EACH CHAIN CONTAINS TWO LARGE ANTI-PARALLEL BETA SHEETS THAT STACK FACE-TO-FACE TO FORM A BETA SANDWICH. EACH SHEET IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE PRESENTED FOR EACH SHEET WHICH HAVE ONE OR MORE IDENTICAL STRANDS. SHEET 1 OF THE SANDWICH IS PRESENTED AS SHEETS *A1A* AND *A1B* FOR CHAIN A AND SHEETS *B1A* AND *B1B* FOR CHAIN B. SHEET 2 OF THE SANDWICH IS PRESENTED AS SHEETS *A2A* AND *A2B* FOR CHAIN A AND SHEETS *B2A* AND *B2B* FOR CHAIN B. THE FOLLOWING B-STRANDS ARE DISJOINT IN THE TWO SHEETS OF THE B-SANDWICH: STRAND 2 OF SHEET 1 IS DISJOINT CONSISTING OF TWO STRANDS (RESIDUES 24 - 26 AND RESIDUES 84 - 87) THAT RUN IN OPPOSITE DIRECTIONS; STRAND 3 OF SHEET 1 IS DISJOINT CONSISTING OF TWO STRANDS (RESIDUES 17 - 20 AND RESIDUES 90 - 95) THAT RUN IN OPPOSITE DIRECTIONS; STRAND 8 OF SHEET 1 IS DISJOINT CONSISTING OF TWO STRANDS (RESIDUES 309 - 313 AND RESIDUES 325 - 327) THAT RUN IN THE SAME DIRECTION; STRAND 2 OF SHEET 2 IS DISJOINT CONSISTING OF TWO STRANDS (RESIDUES 107 - 111 AND RESIDUES 119 - 121) THAT RUN IN THE SAME DIRECTION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I
B: 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3649
ポリマ－92,0212
非ポリマー1,3437
水9,530529
1
A: 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7025
ポリマ－46,0111
非ポリマー6924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6624
ポリマ－46,0111
非ポリマー6513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.000, 86.200, 111.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 382 / 2: CIS PROLINE - PRO B 382
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1) / ベクター: -38.092, -43.108, -56.393)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I


分子量: 46010.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma reesei (菌類)
参照: UniProt: P00725, UniProt: P62694*PLUS, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)

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糖 , 3種, 4分子

#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 532分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-IBZ / 2-IODOBENZYLTHIO GROUP


分子量: 250.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7IS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細A LIGAND O-IODO-BENZYL-1-THIO-B-D-GLUCOSE IS BOUND IN THE ACTIVE SITE OF EACH MOLECULE AND HAS THE ...A LIGAND O-IODO-BENZYL-1-THIO-B-D-GLUCOSE IS BOUND IN THE ACTIVE SITE OF EACH MOLECULE AND HAS THE RESIDUE NAMES IBZ AND GLC (I.E., IBZ FOR THE IODO-BENZYL GROUP AND GLC FOR THE B-D-GLUCOSE UNIT). THERE IS A CALCIUM (+II) ION COORDINATED BY GLU 295 AND GLU 325 FROM ONE MOLECULE (CHAIN A) AND GLU 295 AND GLU 325 FROM A NON-CRYSTALLOGRAPHICALLY RELATED B MOLECULE. IN ADDITION, ONE WATER MOLECULE IS BOUND TO THE CALCIUM ION. THE COORDINATION IS DISTORTED PENTAGONAL BIPYRAMIDAL.
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: GUX1_TRIRE SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE GLN 18 PCA A 1 GLN 18 PCA B 1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化
*PLUS
pH: 3.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-10 mg/mlprotein1drop0.005ml
210 mMglycine1drop
310 %PEG200001drop0.005ml
450 mMcalcium chloride1drop0.001 ml
51 mMo-iodobenzyl-1-thio-beta-D-cellobioside1drop
60.2 Msodium chloride1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.81 Å / Num. obs: 65174 / % possible obs: 95.5 % / Num. measured all: 99089 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.81 Å / 最低解像度: 1.87 Å / % possible obs: 52 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.8→7.5 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.181 -
obs0.181 63053
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6440 0 69 529 7038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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