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- PDB-1ce3: PUTATIVE ANCESTRAL PROTEIN ENCODED BY A SINGLE SEQUENCE REPEAT OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ce3
タイトルPUTATIVE ANCESTRAL PROTEIN ENCODED BY A SINGLE SEQUENCE REPEAT OF THE MULTIDOMAIN PROTEINASE INHIBITOR FROM NICOTIANA ALATA
要素API
キーワードPROTEASE INHIBITOR / CIRCULAR PERMUTATION / NICOTIANA ALATA
機能・相同性Proteinase inhibitor I20 / : / Potato type II proteinase inhibitor family / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Proteinase inhibitor
機能・相同性情報
生物種Nicotiana alata (ヤバネタバコ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Scanlon, M.J. / Lee, M.C.S. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Structure of a putative ancestral protein encoded by a single sequence repeat from a multidomain proteinase inhibitor gene from Nicotiana alata.
著者: Scanlon, M.J. / Lee, M.C. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
履歴
登録1999年3月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: API


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9281
ポリマ－5,9281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATIONS AND LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 API


分子量: 5927.748 Da / 分子数: 1 / 断片: FIRST SEQUENCE REPEAT / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SINGLE SEQUENCE REPEAT FROM A MULTIDOMAIN PROTEINASE INHIBITOR
由来: (組換発現) Nicotiana alata (ヤバネタバコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q40378
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQFCOSY
121ECOSY
131TOCSY
141NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1 mM peptide / Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: peptide / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態pH: 5.8 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX7501
Bruker ARXBrukerARX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.85BRUNGER精密化
XEASYBartels et al.structure calculation
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
X-PLORBRUNGERstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE STRUCTURE CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS AND LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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