[日本語] English
万見
- PDB-1cdm: MODULATION OF CALMODULIN PLASTICITY IN MOLECULAR RECOGNITION ON T... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cdm
タイトルMODULATION OF CALMODULIN PLASTICITY IN MOLECULAR RECOGNITION ON THE BASIS OF X-RAY STRUCTURES
要素
  • CALMODULIN
  • PEPTIDE CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE II
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic vesicle docking / HSF1-dependent transactivation / RAF activation / Ion transport by P-type ATPases / peptidyl-threonine autophosphorylation / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Interferon gamma signaling / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase ...regulation of synaptic vesicle docking / HSF1-dependent transactivation / RAF activation / Ion transport by P-type ATPases / peptidyl-threonine autophosphorylation / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Interferon gamma signaling / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / negative regulation of hydrolase activity / dendritic spine development / regulation of neuron migration / regulation of neurotransmitter secretion / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / Ca2+ pathway / GTPase activating protein binding / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / RAF/MAP kinase cascade / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / dendrite morphogenesis / Ion homeostasis / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcineurin-mediated signaling / regulation of neuronal synaptic plasticity / protein phosphatase activator activity / postsynaptic cytosol / adenylate cyclase binding / catalytic complex / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / glutamate receptor binding / presynaptic cytosol / regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to interferon-beta / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / titin binding / dendrite cytoplasm / calcium channel complex / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / protein serine/threonine kinase activator activity / sarcomere / regulation of cytokinesis / response to ischemia / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / spindle microtubule / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to type II interferon / G1/S transition of mitotic cell cycle / spindle pole / calcium ion transport / kinase activity / myelin sheath / dendritic spine / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein phosphorylation / protein domain specific binding / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / synapse / centrosome / calcium ion binding / dendrite / protein kinase binding / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Meador, W.E. / Quiocho, F.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Modulation of calmodulin plasticity in molecular recognition on the basis of x-ray structures.
著者: Meador, W.E. / Means, A.R. / Quiocho, F.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Target Enzyme Recognition by Calmodulin: 2.4 Angstroms Structure of a Calmodulin-Peptide Complex
著者: Meador, W.E. / Means, A.R. / Quiocho, F.A.
履歴
登録1993年10月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE II
B: CALMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3256
ポリマ－19,1642
非ポリマー1604
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area7810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.000, 75.200, 120.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 PEPTIDE CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE II


分子量: 16277.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P62157
#2: タンパク質・ペプチド CALMODULIN


分子量: 2886.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P11275
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→10 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.208 -
obs0.208 9535
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1179 0 4 53 1236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.28

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る