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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cdd | ||||||
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タイトル | STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE | ||||||
要素 | PHOSPHORIBOSYL-GLYCINAMIDE FORMYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE(FORMYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / DNA damage response / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Almassy, R.J. / Janson, C.A. / Kan, C.-C. / Hostomska, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Structures of apo and complexed Escherichia coli glycinamide ribonucleotide transformylase. 著者: Almassy, R.J. / Janson, C.A. / Kan, C.C. / Hostomska, Z. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1990 タイトル: De Novo Purine Nucleotide Biosynthesis: Cloning of Human and Avian Cdna'S Encoding the Trifunctional Glycinamide Ribonucleotide Synthetase-Aminoimidazole Ribonucleotide Synthetase- ...タイトル: De Novo Purine Nucleotide Biosynthesis: Cloning of Human and Avian Cdna'S Encoding the Trifunctional Glycinamide Ribonucleotide Synthetase-Aminoimidazole Ribonucleotide Synthetase-Glycinamide Ribonucleotide Transformylase by Functional Complementation in E. Coli 著者: Aimi, J. / Qiu, H. / Williams, J. / Zalkin, H. / Dixon, J.E. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987 タイトル: Identification and Nucleotide Sequence of a Gene Encoding 5'-Phosphoribosylglycinamide Transformylase in Escherichia Coli K12 著者: Smith, J.M. / Daum III, H.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cdd.cif.gz | 84.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cdd.ent.gz | 65 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cdd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cdd_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cdd_full_validation.pdf.gz | 464 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cdd_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cdd_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/1cdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/1cdd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: PRO B 204 - PRO B 205 OMEGA =212.30 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.19391, 0.33875, 0.92068), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR MOLECULE 1 (CHAIN A) WHEN APPLIED TO MOLECULE 2 (CHAIN B) WITH AN RMS DEVIATION OF 0.83 ANGSTROMS FOR 189 CA COORDINATES (APPROXIMATELY A TWO-FOLD ROTATION, 184 DEGREES). | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23266.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 参照: UniProt: P08179, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.47 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. all: 124304 / Num. obs: 16623 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor obs: 0.225 / 最高解像度: 2.8 Å 詳細: RESIDUES 210 - 212 IN CHAIN A HAVE HIGH TEMPERATURE FACTORS, ARE IN WEAK DENSITY, AND HAVE SIGNIFICANT DISORDER. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 15431 / σ(F): 0.5 / Rfactor obs: 0.225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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