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- PDB-1cd8: CRYSTAL STRUCTURE OF A SOLUBLE FORM OF THE HUMAN T CELL CO-RECEPT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cd8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A SOLUBLE FORM OF THE HUMAN T CELL CO-RECEPTOR CD8 AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION
要素T CELL CORECEPTOR CD8
キーワードSURFACE GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation ...cytotoxic T cell differentiation / MHC class I protein complex binding / T cell mediated immunity / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / MHC class I protein binding / plasma membrane raft / coreceptor activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / immune response / external side of plasma membrane / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Leahy, D.J. / Axel, R. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of a soluble form of the human T cell coreceptor CD8 at 2.6 A resolution.
著者: Leahy, D.J. / Axel, R. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1992年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T CELL CORECEPTOR CD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9462
ポリマ－12,8501
非ポリマー961
水41423
1
A: T CELL CORECEPTOR CD8
ヘテロ分子

A: T CELL CORECEPTOR CD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8914
ポリマ－25,6992
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)101.000, 101.000, 55.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 7 IS A CIS PROLINE.

-
要素

#1: タンパク質 T CELL CORECEPTOR CD8


分子量: 12849.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01732
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125-30 %(w/v)PEG33501reservoir
23.75 %satammonium sulphate1reservoir
310 mMsodium citrate1reservoir
55-10 mg/mldH2O1drop
610 mMsodium citrate1drop
4sCD81drop0.001ml

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 4347 / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 19913 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.69 Å / % possible obs: 44 % / Num. unique obs: 226 / Num. measured obs: 597 / Rmerge(I) obs: 0.323

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 0
詳細: THREE SHORT LOOP REGIONS HAVE POOR ELECTRON DENSITY AND AVERAGE B-FACTORS ABOVE 50A**2: (I) SER 27-SER 31, (II) GLN 54-LYS 56, (III) ARG 40-ALA 43. IN THESE REGIONS SUFFICIENT MAIN-CHAIN ...詳細: THREE SHORT LOOP REGIONS HAVE POOR ELECTRON DENSITY AND AVERAGE B-FACTORS ABOVE 50A**2: (I) SER 27-SER 31, (II) GLN 54-LYS 56, (III) ARG 40-ALA 43. IN THESE REGIONS SUFFICIENT MAIN-CHAIN DENSITY IS PRESENT TO PROVIDE CONFIDENCE THAT THE COURSE OF THE MAIN-CHAIN IS GENERALLY CORRECT, BUT THE EXACT MAIN-CHAIN TORSION ANGLES AND SIDE-CHAIN POSITIONS ARE NOT WELL DEFINED.
Rfactor反射数
Rwork0.192 -
obs0.192 18872
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1111 0 5 69 1185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 18872 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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