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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cci | ||||||
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タイトル | HOW FLEXIBLE ARE PROTEINS? TRAPPING OF A FLEXIBLE LOOP | ||||||
要素 | CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / HEME / TRANSIT PEPTIDE / POLYMORPHISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Cao, Y. / Musah, R.A. / Wilcox, S.K. / Goodin, D.B. / Mcree, D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: A ligand-gated, hinged loop rearrangement opens a channel to a buried artificial protein cavity. 著者: Fitzgerald, M.M. / Musah, R.A. / McRee, D.E. / Goodin, D.B. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Small Molecule Binding to an Artificially Created Cavity at the Active Site of Cytochrome C Peroxidase 著者: Fitzgerald, M.M. / Churchill, M.J. / Mcree, D.E. / Goodin, D.B. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: The Asp-His-Fe Triad of Cytochrome C Peroxidase Controls the Reduction Potential, Electronic Structure, and Coupling of the Tryptophan Free Radical to the Heme 著者: Goodin, D.B. / Mcree, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cci.cif.gz | 86.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cci.ent.gz | 65.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cci.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cci_validation.pdf.gz | 765.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cci_full_validation.pdf.gz | 771.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cci_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cci_validation.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/1cci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/1cci | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33497.293 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(MKT) AT N-TERMINUS, T53I, D152G, F202 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: MITOCHONDRIA / 遺伝子: CCP / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PT7CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): CCP(MKT) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-DMI / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 25% MPD, 70 MM PHOSPHATE PH 6.0 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年3月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 40539 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1.03 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.5 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CCA 解像度: 2.4→5 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→5 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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