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万見
- PDB-1cc3: PURPLE CUA CENTER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cc3
タイトルPURPLE CUA CENTER
要素PROTEIN (CUA AZURIN)
キーワードELECTRON TRANSPORT / COPPER-A
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Robinson, H. / Ang, M.C. / Gao, Y.-G. / Hay, M.T. / Lu, Y. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Structural basis of electron transfer modulation in the purple CuA center.
著者: Robinson, H. / Ang, M.C. / Gao, Y.G. / Hay, M.T. / Lu, Y. / Wang, A.H.
履歴
登録1999年3月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CUA AZURIN)
B: PROTEIN (CUA AZURIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6326
ポリマ－28,3782
非ポリマー2544
水9,116506
1
A: PROTEIN (CUA AZURIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3163
ポリマ－14,1891
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (CUA AZURIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3163
ポリマ－14,1891
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.630, 62.332, 51.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CUA AZURIN)


分子量: 14189.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AZURINE WITH THE FOLLOWING MUTATIONS: THE LOOP 113-118 TFPGHS WAS REPLACED WITH 113-120 SELCGINH
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 解説: LOOP DIRECTED MUTAGENESIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化pH: 5.1 / 詳細: pH 5.1
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111.5 mg/mlprotein1drop
2125 mMammonium acetate1droppH5.1
30.05 Msodium acetate1droppH4.6
415 %PEG20001drop
50.2 Mammonium acetate1reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
720 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 26467 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
% possible obs: 97.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AZU

4azu


解像度: 1.65→20 Å / Num. parameters: 9959 / Num. restraintsaints: 8058 / 交差検証法: THROUGHOUT UNTIL END / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: NO RESTRAINTS APPLIED TO COPPER ATOMS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1317 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.201 26123 --
obs0.201 26123 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2486
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 4 506 2486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.476
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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