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- PDB-1cby: DELTA-ENDOTOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cby
タイトルDELTA-ENDOTOXIN
要素DELTA-ENDOTOXIN CYTB
キーワードTOXIN / MOSQUITOCIDAL / MEMBRANE PORE / CYTOLYTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like / Delta-endotoxin CytB / Delta-endotoxin CytB-like superfamily / Bacillus thuringiensis toxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-2Aa cytolytic delta-endotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis serovar kyushuensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Structure of the mosquitocidal delta-endotoxin CytB from Bacillus thuringiensis sp. kyushuensis and implications for membrane pore formation.
著者: Li, J. / Koni, P.A. / Ellar, D.J.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Crystallization of a Membrane Pore-Forming Protein with Mosquitocidal Activity from Bacillus Thuringiensis Subsp. Kyushuensis
著者: Li, J. / Koni, P.A. / Ellar, D.J.
#2: ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 1994
タイトル: Biochemical Characterization of Bacillus Thuringiensis Cytolytic Delta-Endotoxins
著者: Koni, P.A. / Ellar, D.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Cloning and Characterization of a Novel Bacillus Thuringiensis Cytolytic Delta-Endotoxin
著者: Koni, P.A. / Ellar, D.J.
履歴
登録1995年9月5日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DELTA-ENDOTOXIN CYTB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2601
ポリマ－29,2601
非ポリマー00
水50428
1
A: DELTA-ENDOTOXIN CYTB

A: DELTA-ENDOTOXIN CYTB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5212
ポリマ－58,5212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area6170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.810, 66.810, 170.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 DELTA-ENDOTOXIN CYTB


分子量: 29260.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar kyushuensis (バクテリア)
生物種: Bacillus thuringiensis / 株: KYUSHUENSIS / 遺伝子: CYTB / プラスミド: PCYTB / 遺伝子 (発現宿主): CYTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04470
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMTris-HCl1reservoir
250 mMurea1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月25日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19 Å / Num. obs: 7235 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.6→19 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 -5 %
Rwork0.197 --
obs0.197 7218 96.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1807 0 0 28 1835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.494
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.14
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.068
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.14
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.068
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.78 Å / Rfactor Rfree: 0.347 / Rfactor obs: 0.304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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