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- PDB-1cb9: NMR STRUCTURE WITH TIGHTLY BOUND WATER MOLECULES OF CYTOTOXIN II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cb9
タイトルNMR STRUCTURE WITH TIGHTLY BOUND WATER MOLECULES OF CYTOTOXIN II (CARDIOTOXIN) FROM NAJA NAJA OXIANA IN AQUEOUS SOLUTION (MAJOR FORM).
要素PROTEIN (CYTOTOXIN 2)
キーワードTOXIN / CYTOXIN (CARDIOTOXIN) / MEMBRANE PERTURBATION / CIS/TRANS ISOMERIZATION / BOUND WATER
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Naja oxiana (コブラ)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING BY MOLECULAR DYNAMICS IN TORSION ANGLE SPACE
データ登録者Dementieva, D.V. / Bocharov, E.V. / Arseniev, A.S.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Two forms of cytotoxin II (cardiotoxin) from Naja naja oxiana in aqueous solution: spatial structures with tightly bound water molecules.
著者: Dementieva, D.V. / Bocharov, E.V. / Arseniev, A.S.
#1: ジャーナル: RUSS.J.BIOORGANIC CHEM. / 年: 1996
タイトル: Secondary Structure and Conformational Heterogeneity of Cytotoxin II from Naja Naja Oxiana
著者: Dementieva, D.V. / Utkin Yu, N. / Arseniev, A.S.
履歴
登録1999年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CYTOTOXIN 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6481
ポリマ－6,6481
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 220LEAST RESTRAINT VIOLATION (TARGET FUNCTION VALUE)
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CYTOTOXIN 2)


分子量: 6648.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja oxiana (コブラ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P01441
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY
141ROESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY, USING GRADIENT TECHNIQUE. ROESY EXPERIMENTS WERE HELD AT 290 AND 318K.

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O; 100% D2O
試料状態pH: 5.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY 600 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
FANTOM4FRACZKIEWICZ, MUMENTHALER, FREYBERG, SCHAUMANN精密化
VARIAN VNMRVNMR構造決定
XEASY構造決定
DYANA構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING BY MOLECULAR DYNAMICS IN TORSION ANGLE SPACE
ソフトェア番号: 1
詳細: THE RESTRAINED REFINMENT WAS MADE IN VACUUM AND ONLY FOR PROTEIN SIDE CHAINS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION (TARGET FUNCTION VALUE)
計算したコンフォーマーの数: 220 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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