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- PDB-1c9t: COMPLEX OF BDELLASTASIN WITH BOVINE TRYPSIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c9t
タイトルCOMPLEX OF BDELLASTASIN WITH BOVINE TRYPSIN
要素
  • BDELLASTASIN
  • TRYPSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COMPLEX (HYDROLASE-INHIBITOR) / HYDROLASE / INHIBITOR / ANTISTASIN / PLASMIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Antistasin; domain 1 / Antistasin; domain 1 / Antistasin-like domain / Antistasin family / Antistasin-like domain profile. / Hirudin/antistatin / : / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site ...Antistasin; domain 1 / Antistasin; domain 1 / Antistasin-like domain / Antistasin family / Antistasin-like domain profile. / Hirudin/antistatin / : / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine protease 1 / Bdellastasin
類似検索 - 構成要素
生物種Hirudo medicinalis (医用ビル)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rester, U. / Bode, W. / Moser, M. / Parry, M.A. / Huber, R. / Auerswald, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of the complex of the antistasin-type inhibitor bdellastasin with trypsin and modelling of the bdellastasin-microplasmin system.
著者: Rester, U. / Bode, W. / Moser, M. / Parry, M.A. / Huber, R. / Auerswald, E.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Bdellastasin, a serine protease inhibitor of the antistasin family from the medical leech (Hirudo medicinalis)-primary structure, expression in yeast, and characterisation of native and ...タイトル: Bdellastasin, a serine protease inhibitor of the antistasin family from the medical leech (Hirudo medicinalis)-primary structure, expression in yeast, and characterisation of native and recombinant inhibitor
著者: Moser, M. / Auerswald, E. / Mentele, R. / Eckerskorn, C. / Fritz, E. / Fink, H.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: L-Isoaspartate 115 of porcine beta-trypsin promotes crystallization of its complex with bdellastasin
著者: Rester, U. / Moser, M. / Huber, R. / Bode, W.
履歴
登録1999年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN
B: TRYPSIN
C: TRYPSIN
D: TRYPSIN
E: TRYPSIN
F: TRYPSIN
G: BDELLASTASIN
H: BDELLASTASIN
I: BDELLASTASIN
J: BDELLASTASIN
K: BDELLASTASIN
L: BDELLASTASIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,05312
ポリマ－178,05312
非ポリマー00
水2,630146
1
A: TRYPSIN
G: BDELLASTASIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6752
ポリマ－29,6752
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
2
B: TRYPSIN
H: BDELLASTASIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6752
ポリマ－29,6752
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
3
C: TRYPSIN
I: BDELLASTASIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6752
ポリマ－29,6752
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
4
D: TRYPSIN
J: BDELLASTASIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6752
ポリマ－29,6752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
5
E: TRYPSIN
K: BDELLASTASIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6752
ポリマ－29,6752
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
6
F: TRYPSIN
L: BDELLASTASIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6752
ポリマ－29,6752
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.22, 108.78, 95.71
Angle α, β, γ (deg.)90, 93.7, 90
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
TRYPSIN / E.C.3.4.21.4


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Secretion: SALIVA / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質
BDELLASTASIN


分子量: 6351.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: TrEMBL: P82107, UniProt: P82107*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.7855.71
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.650MM MES, 2.0M AMMONIUM SULFATE, 10MM MAGNESIM CHLORIDE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.650MM MES, 2.2M AMMONIUM SULFATE, 10MM MAGNESIM CHLORIDE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
2150 mMsodium chloride1drop
32.2 Mammonium sulfate1reservoir
410 mMmagnesium chloride1reservoir
550 mMMES1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12771
22771
放射光源
由来タイプID波長
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1997年4月17日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1997年10月19日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21
反射解像度: 3.3→47 Å / Num. all: 52903 / Num. obs: 52903 / % possible obs: 81.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 55.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 77
反射
*PLUS
Num. obs: 23797
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 3.3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 2351 10.7 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 21951 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12078 0 0 146 12224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.561
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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