PDB-1c9i: PEPTIDE-IN-GROOVE INTERACTIONS LINK TARGET PROTEINS TO THE B-PROP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c9i

タイトル

PEPTIDE-IN-GROOVE INTERACTIONS LINK TARGET PROTEINS TO THE B-PROPELLER OF CLATHRIN

要素

B-ADAPTIN 3
CLATHRIN

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / BETA-PROPELLER / HELICAL HAIRPIN / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / presynaptic endocytic zone membrane / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / Myb complex / clathrin coat / postsynaptic endocytic zone / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 ...RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / presynaptic endocytic zone membrane / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / Myb complex / clathrin coat / postsynaptic endocytic zone / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / amyloid-beta clearance by transcytosis / MHC class II antigen presentation / clathrin coat of coated pit / transferrin transport / clathrin coat assembly / clathrin coat disassembly / photoreceptor ribbon synapse / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / Recycling pathway of L1 / clathrin-coated endocytic vesicle / mitotic spindle microtubule / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / retrograde transport, endosome to Golgi / clathrin-coated vesicle / ankyrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / ubiquitin-specific protease binding / Golgi organization / synaptic vesicle endocytosis / mitotic spindle assembly / negative regulation of protein localization to plasma membrane / clathrin-coated pit / heat shock protein binding / protein serine/threonine kinase binding / T-tubule / receptor-mediated endocytosis / regulation of mitotic spindle organization / peptide binding / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / sarcolemma / receptor internalization / autophagy / spindle / disordered domain specific binding / melanosome / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / structural molecule activity / protein-containing complex / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

ter Haar, E. / Harrison, S.C. / Kirchhausen, T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Peptide-in-groove interactions link target proteins to the beta-propeller of clathrin.
著者: ter Haar, E. / Harrison, S.C. / Kirchhausen, T.

履歴

登録	1999年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c9i.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c9i.ent.gz	117.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/1c9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/1c9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1c9lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m5u-d 5m61-d 1c9l-d 5m5s-d 3f9v-d 3q8x-d 1io9-d 5mmf-d 6n8r-d 3hwb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (27) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CLATHRIN

B: CLATHRIN

C: B-ADAPTIN 3

D: B-ADAPTIN 3

81.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.040, 131.275, 79.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CLATHRIN 分子量: 39953.879 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11442
#2: タンパク質・ペプチド	B-ADAPTIN 3 分子量: 916.028 Da / 分子数: 2 / 断片: CLATHRIN-BOX PEPTIDE / Mutation: D815A, D823A / 由来タイプ: 合成詳細: This peptide was chemically sythesized.The sequence of this peptide naturally occurs in humans (HOMO SAPIENS).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.42 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, KOAc, DTT, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	10 mM	peptide	1	drop
2	100 mM	Tris-HCl	1	drop
3	21 %	PEG4000	1	reservoir
4	350 mM	potassium acetate	1	reservoir
5	1 mM	dithiothreitol	1	reservoir
6	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.54
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 27038 / Num. obs: 27038 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 44.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.207 / % possible all: 94.6
反射シェル	PLUS % possible obs*: 94.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
CNS	0.5	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.9→30 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Data cutoff high absF: 277796.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	1251	4.6 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
all	0.227	27038	-	-
obs	0.227	27038	97.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 29.83 Å² / k_sol: 0.387 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.28 Å²	0 Å²	11.46 Å²
2-	-	1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.05 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.43 Å	0.34 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.47 Å	0.38 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5672	0	0	0	5672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.9

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3.08 Å / R_factor R_free error: 0.023 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	194	4.5 %
R_work	0.296	4157	-
obs	-	-	94.6 %

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PA / Topol file: PROTEIN.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.268

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)