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- PDB-1c8c: CRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c8c
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA CONTAINING T-G MISMATCHED BASE PAIRS
要素
  • 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
  • DNA-BINDING PROTEIN 7A
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN-DNA INTERACTION / PROTEIN STABILITY / HYPERTHERMOPHILE / ACHAEABACTERIA / ELECTROSTATICS / MOLECULAR MODELING / T-G MISMATCH / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Su, S. / Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Liaw, Y.-C. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of the chromosomal proteins Sso7d/Sac7d bound to DNA containing T-G mismatched base-pairs.
著者: Su, S. / Gao, Y.G. / Robinson, H. / Liaw, Y.C. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.
履歴
登録2000年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
A: DNA-BINDING PROTEIN 7A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1223
ポリマ－12,1223
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.475, 49.800, 37.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2442.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA-BINDING PROTEIN 7A / SSO7D / 7 KDA DNA-BINDING PROTEIN D


分子量: 7236.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 1617, #1616
由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: P39476
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3MM SSO7D, 1.3MM DUPLEX DNA, 2.5 MM TRIS (PH 6.5), 2.5% PEG 400, EQUILIBRATED AGAINST 15% PEG 400 at pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1TRIS11
2PEG 40011
3PEG 40012
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.3 mMSso7d1drop
21.3 mMDNA duplex1drop
32.5 mMTris-HCl1drop
42.5 %PEG4001drop
515 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→20 Å / Num. obs: 14498 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.45 Å / 最低解像度: 1.52 Å / % possible obs: 63 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AZP

1azp


解像度: 1.45→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2868 884 5 %EVERY 20TH REFLECTION
all0.229 17583 --
obs0.229 -72.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数636 362 0 471 1469
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 4 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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