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万見
- PDB-1c5e: BACTERIOPHAGE LAMBDA HEAD PROTEIN D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c5e
タイトルBACTERIOPHAGE LAMBDA HEAD PROTEIN D
要素HEAD DECORATION PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / BACTERIOPHAGE LAMBDA / HEAD PROTEIN D / PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE / VIRUS ASSEMBLY / PHAGE DISPLAY
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, decoration / viral DNA genome packaging / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Virus Head Decoration Protein; Chain: A, / Head decoration protein D / Head decoration protein D superfamily / Head decoration protein D / Bacteriophage lambda head decoration protein D / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid decoration protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Yang, F. / Forrer, P. / Dauter, Z. / Pluckthun, A. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Novel fold and capsid-binding properties of the lambda-phage display platform protein gpD.
著者: Yang, F. / Forrer, P. / Dauter, Z. / Conway, J.F. / Cheng, N. / Cerritelli, M.E. / Steven, A.C. / Pluckthun, A. / Wlodawer, A.
履歴
登録1999年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAD DECORATION PROTEIN
B: HEAD DECORATION PROTEIN
C: HEAD DECORATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6745
ポリマ－29,4903
非ポリマー1842
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.580, 69.070, 45.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.254172, 0.010299, 0.967104), (-0.911654, 0.331324, -0.243127), (-0.322929, -0.943461, -0.074824)29.27348, 35.04161, 26.58102
2given(-0.226471, -0.922287, -0.313205), (-0.001972, 0.321993, -0.94674), (0.974016, -0.213792, -0.07474)48.23424, 13.84381, -19.08689

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要素

#1: タンパク質 HEAD DECORATION PROTEIN / GPD / MAJOR CAPSID PROTEIN D


分子量: 9829.972 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 参照: UniProt: P03712
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 28% PEG 4000, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 10 % GLYCEROL
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
328 %PEG40001reservoir
40.1 MBis-Tris1reservoir
510 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 109996 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 4.6
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / Rsym value: 25.6 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 635194 / Rmerge(I) obs: 0.046

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.1→10 Å / Num. parameters: 21691 / Num. restraintsaints: 26304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1328 5346 5.1 %RANDOM
all0.0982 104260 --
obs0.0986 -94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 2051 / Occupancy sum non hydrogen: 2394
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2073 0 12 309 2394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.118
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.119
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.0982 / Rfactor Rwork: 0.099
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_chiral_restr / Dev ideal: 0.087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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