+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c57 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | DIRECT DETERMINATION OF THE POSITIONS OF DEUTERIUM ATOMS OF BOUND WATER IN CONCANAVALIN A BY NEUTRON LAUE CRYSTALLOGRAPHY | ||||||
![]() | Concanavalin-Br | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Habash, J. / Raftery, J. / Nuttall, R. / Price, H.J. / Lehmann, M.S. / Wilkinson, C. / Kalb, A.J. / Helliwell, J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Direct determination of the positions of the deuterium atoms of the bound water in -concanavalin A by neutron Laue crystallography. 著者: Habash, J. / Raftery, J. / Nuttall, R. / Price, H.J. / Wilkinson, C. / Kalb, A.J. / Helliwell, J.R. #1: ![]() タイトル: Neutron Laue Diffraction Study of Concanavalin A:The Proton of Asp28 著者: Habash, J. / Raftery, J. / Weisgerber, S. / Cassetta, A. / Lehmann, M.S. / Hoghoj, P. / Wilkinson, C. / Campbell, J.W. / Helliwell, J.R. #2: ![]() タイトル: The Structure of Concanavalin a and its Bound Solvent Determined with Small- Molecule Accuracy at 0.94A Resolution 著者: Deacon, A. / Gleichmann, T. / Kalb, A.J. / Price, H. / Raftery, J. / Bradbrook, G. / Yariv, J. / Helliwell, J.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
配列の詳細 | THE AMINO ACID SEQUENCE IN SWS ENTRY P02866 is the pre pro concanavalin A WHICH IS POST ...THE AMINO ACID SEQUENCE IN SWS ENTRY P02866 is the pre pro concanavalin A WHICH IS POST TRANSLATIO |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 % 解説: NEUTRON DIFFRACTION HYDROGEN/DEUTERIUM EXCHANGE TECHNIQUE WAS EMPLOYED | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | pH: 6.5 詳細: CRYSTALS SELECTED FOR NEUTRON STUDY WERE TRANSFERRED TO A 1ML BUFFERMADE UP OF 99.9% D2O WITH 0.1M NANO3, 0.05M TRIS-ACETATE, 1MM MNCL2 AND 1MM CACL2; PH 6.5. | |||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method / 詳細: Greer, J., (1970) J. Mol. Biol., 48, 365. | |||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: FUJI 検出器: CYLINDRICAL DETECTOR EIGHT IMAGE PLATE EACH 200X200 MM 日付: 1997年10月21日 | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron | |||||||||
放射波長 |
| |||||||||
反射 | 解像度: 2.4→15.79 Å / Num. obs: 8605 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rsym value: 0.222 / Net I/σ(I): 2.8 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 82.2 | |||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.2 % / Num. unique obs: 773 / Rmerge(I) obs: 0.436 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.4→15.792 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15.792 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.27 / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.378 / Rfactor Rwork: 0.302 |