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- PDB-1c57: DIRECT DETERMINATION OF THE POSITIONS OF DEUTERIUM ATOMS OF BOUND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c57
タイトルDIRECT DETERMINATION OF THE POSITIONS OF DEUTERIUM ATOMS OF BOUND WATER IN CONCANAVALIN A BY NEUTRON LAUE CRYSTALLOGRAPHY
要素Concanavalin-Br
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CONCANAVALIN A / NEUTRON LAUE DIFFRACTION / BOUND D2O MOLECULES
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Concanavalin-Br
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Habash, J. / Raftery, J. / Nuttall, R. / Price, H.J. / Lehmann, M.S. / Wilkinson, C. / Kalb, A.J. / Helliwell, J.R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Direct determination of the positions of the deuterium atoms of the bound water in -concanavalin A by neutron Laue crystallography.
著者: Habash, J. / Raftery, J. / Nuttall, R. / Price, H.J. / Wilkinson, C. / Kalb, A.J. / Helliwell, J.R.
#1: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1997
タイトル: Neutron Laue Diffraction Study of Concanavalin A:The Proton of Asp28
著者: Habash, J. / Raftery, J. / Weisgerber, S. / Cassetta, A. / Lehmann, M.S. / Hoghoj, P. / Wilkinson, C. / Campbell, J.W. / Helliwell, J.R.
#2: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1997
タイトル: The Structure of Concanavalin a and its Bound Solvent Determined with Small- Molecule Accuracy at 0.94A Resolution
著者: Deacon, A. / Gleichmann, T. / Kalb, A.J. / Price, H. / Raftery, J. / Bradbrook, G. / Yariv, J. / Helliwell, J.R.
履歴
登録1999年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7173
ポリマ－25,6221
非ポリマー952
水2,666148
1
A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子

A: Concanavalin-Br
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,87012
ポリマ－102,4904
非ポリマー3808
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.110, 87.580, 63.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Concanavalin-Br / CONCANAVALIN A / Con Br


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P55915
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AMINO ACID SEQUENCE IN SWS ENTRY P02866 is the pre pro concanavalin A WHICH IS POST ...THE AMINO ACID SEQUENCE IN SWS ENTRY P02866 is the pre pro concanavalin A WHICH IS POST TRANSLATIONALLY MODIFIED TO MAKE 'FINAL' CONCANAVALIN A. THERE IS A DISCREPANCY BETWEEN THE CHEMICAL SEQUENCED AND GENE SEQUENCED PROTEINS. THE DEFINITIVE SEQUENCE IS BY MIN ET AL EMBO J 1992, 11, 1103.

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 %
解説: NEUTRON DIFFRACTION HYDROGEN/DEUTERIUM EXCHANGE TECHNIQUE WAS EMPLOYED
結晶化pH: 6.5
詳細: CRYSTALS SELECTED FOR NEUTRON STUDY WERE TRANSFERRED TO A 1ML BUFFERMADE UP OF 99.9% D2O WITH 0.1M NANO3, 0.05M TRIS-ACETATE, 1MM MNCL2 AND 1MM CACL2; PH 6.5.
結晶化
*PLUS
手法: batch method / 詳細: Greer, J., (1970) J. Mol. Biol., 48, 365.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.1 M11NaNO3
20.05 MTris-acetate11pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: ILL / ビームライン: LADI / 波長: 2.39-3.52
検出器タイプ: FUJI
検出器: CYLINDRICAL DETECTOR EIGHT IMAGE PLATE EACH 200X200 MM
日付: 1997年10月21日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.391
23.521
反射解像度: 2.4→15.79 Å / Num. obs: 8605 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rsym value: 0.222 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 82.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.2 % / Num. unique obs: 773 / Rmerge(I) obs: 0.436

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
INTLAUEデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.4→15.792 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 475 5 %RANDOM
Rwork0.27 ---
obs0.27 8605 88.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.422 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15.792 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 2 148 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.018
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18.2
NEUTRON DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_improper_angle_d3.7
NEUTRON DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_mcbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONx_mcangle_it
NEUTRON DIFFRACTIONx_scbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 38 -
Rwork0.302 778 -
obs--82.5 %
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.27 / Rfactor Rfree: 0.301 / Rfactor Rwork: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg3.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.378 / Rfactor Rwork: 0.302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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