PDB-1c55: NMR SOLUTION STRUCTURE OF BUTANTOXIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c55

タイトル

NMR SOLUTION STRUCTURE OF BUTANTOXIN

要素

BUTANTOXIN

キーワード

TOXIN / BUTANTOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Tityus serrulatus (サソリ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Holaday Jr., S.K. / Martin, B.M. / Fletcher Jr., P.L. / Krishna, N.R.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2000
タイトル: NMR solution structure of butantoxin.
著者: Holaday Jr., S.K. / Martin, B.M. / Fletcher Jr., P.L. / Krishna, N.R.

履歴

登録	1999年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c55.cif.gz	400.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c55.ent.gz	334.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c55	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1c56C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c56-d 1iyc-d 2nsv-d 1mhi-d 6xn9-d 6qq7-d 1v9g-d 2m4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BUTANTOXIN

4.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	35 / 100	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	BUTANTOXIN 分子量: 4521.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tityus serrulatus (サソリ) / 組織: VENOM / 参照: UniProt: P59936
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	COSY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	NOESY
1	4	1	TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態	イオン強度: 50 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AM 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AM 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.8	BRUNGER	精密化
Felix	97.2		構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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