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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c54 | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF RIBONUCLEASE SA | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE SA | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ALPHA+BETA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces aureofaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Laurents, D.V. / Canadillas-Perez, J.M. / Santoro, J. / Schell, D. / Pace, C.N. / Rico, M. / Bruix, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2001 タイトル: Solution structure and dynamics of ribonuclease Sa. 著者: Laurents, D. / Perez-Canadillas, J.M. / Santoro, J. / Rico, M. / Schell, D. / Pace, C.N. / Bruix, M. #1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999 タイトル: Sequential Assignment and Solution Secondary Structure of Doubly Labelled Ribonuclease Sa 著者: Laurents, D.V. / Canadillas-Perez, J.M. / Santoro, J. / Schell, D. / Pace, C.N. / Rico, M. / Bruix, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996 タイトル: Ribonucelase from Streptomyces Aureofaciens at Atomic Resolution 著者: Sevcik, J. / Dauter, Z. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c54.cif.gz | 327.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c54.ent.gz | 263.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1c54_validation.pdf.gz | 358.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1c54_full_validation.pdf.gz | 502.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1c54_validation.xml.gz | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1c54_validation.cif.gz | 57.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/1c54 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10582.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア) プラスミド: PEH100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05798, EC: 3.1.27.3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED WITH A 80MS MIXING TIME, AND STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1924 UPPER DISTANCE RESTRAINTS, DERIVED FROM 2276 UNAMBIGUOUS NOES, AND 3 LOWER DISTANCE RESTRAINTS BASED ON THE PROTEINS C7-C96 DISULFIDE BOND. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY AND REPRESENTATIVE OF DIFFERENT CONFORMERS 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |