[日本語] English
万見
- PDB-1c54: SOLUTION STRUCTURE OF RIBONUCLEASE SA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c54
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF RIBONUCLEASE SA
要素RIBONUCLEASE SA
キーワードHYDROLASE / ALPHA+BETA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease Sa
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Laurents, D.V. / Canadillas-Perez, J.M. / Santoro, J. / Schell, D. / Pace, C.N. / Rico, M. / Bruix, M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Solution structure and dynamics of ribonuclease Sa.
著者: Laurents, D. / Perez-Canadillas, J.M. / Santoro, J. / Rico, M. / Schell, D. / Pace, C.N. / Bruix, M.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999
タイトル: Sequential Assignment and Solution Secondary Structure of Doubly Labelled Ribonuclease Sa
著者: Laurents, D.V. / Canadillas-Perez, J.M. / Santoro, J. / Schell, D. / Pace, C.N. / Rico, M. / Bruix, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Ribonucelase from Streptomyces Aureofaciens at Atomic Resolution
著者: Sevcik, J. / Dauter, Z. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S.
履歴
登録1999年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE SA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5821
ポリマ－10,5821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40LOWEST ENERGY AND REPRESENTATIVE OF DIFFERENT CONFORMERS
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE SA


分子量: 10582.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
プラスミド: PEH100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05798, EC: 3.1.27.3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2222D NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED WITH A 80MS MIXING TIME, AND STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容
1NA
2NA
3U-15N
4U-15N
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
105.5AMBIENT 303.2 K
205.5AMBIENT 303.2 K
305.5AMBIENT 303.2 K
405.5AMBIENT 303.2 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3BRUKERaquisition
ANSIG3.3KRAULIS解析
DYANA1.4GUNTER構造決定
GROMOSVAN GUNSTRUM精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1924 UPPER DISTANCE RESTRAINTS, DERIVED FROM 2276 UNAMBIGUOUS NOES, AND 3 LOWER DISTANCE RESTRAINTS BASED ON THE PROTEINS C7-C96 DISULFIDE BOND.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY AND REPRESENTATIVE OF DIFFERENT CONFORMERS
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る