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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c4q | |||||||||
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タイトル | MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (F30A/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE | |||||||||
要素 | PROTEIN (SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B) | |||||||||
キーワード | TOXIN / RECEPTOR BINDING / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated modulation of host virulence / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Ling, H. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Identification of the Primary Receptor Binding Site of Shiga-Like Toxin B Subunits: Structures of Mutated Shiga-Like Toxin I B-Pentamer with and without Bound Carbohydrate 著者: Ling, H. / Bast, D. / Brunton, J.L. / Read, R.J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structure of the Shiga-Like Toxin I B-Pentamer Complexed with an Analogue of its Receptor Gb3 著者: Ling, H. / La Boodhoo, J. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c4q.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c4q.ent.gz | 69 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c4q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1c4q_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1c4q_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1c4q_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1c4q_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/1c4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/1c4q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7507.405 Da / 分子数: 5 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN / 変異: F30A, W34A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08027, UniProt: P69179*PLUS #2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年5月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→38.7 Å / Num. obs: 54074 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.52 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 82.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BOS 解像度: 1.52→38.7 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 30.5 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.52→38.7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.54 Å / Total num. of bins used: 23
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Xplor file |
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