PDB-1c49: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL DIFFERENCES OF TWO TOXINS FROM THE SCOR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c49

タイトル

STRUCTURAL AND FUNCTIONAL DIFFERENCES OF TWO TOXINS FROM THE SCORPION PANDINUS IMPERATOR

要素

TOXIN K-BETA

キーワード

TOXIN / SCORPION TOXIN / POTASSIUM CHANNELS BLOCKERS / ALPHA-K TOXIN FAMILY / NEUROTOXIN / NMR SOLUTION STRUCTURE

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 7.2

機能・相同性情報

生物種

Pandinus imperator (サソリ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Klenk, K.C. / Tenenholz, T.C. / Matteson, D.R. / Rogowski, R.S. / Blaustein, M.P. / Weber, D.J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Structural and functional differences of two toxins from the scorpion Pandinus imperator.
著者: Klenk, K.C. / Tenenholz, T.C. / Matteson, D.R. / Rogowski, R.S. / Blaustein, M.P. / Weber, D.J.

履歴

登録	1999年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c49.cif.gz	196.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c49.ent.gz	162.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/1c49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/1c49	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1av2-1 1y2p-d 1w5u-1 6sab-d 2m9e-d 2mxq-d 1quz-d 2kus-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TOXIN K-BETA

4.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 500
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	TOXIN K-BETA / PITX-KB / ALPHA-KTX5.2 分子量: 4080.824 Da / 分子数: 1 / 断片: COMPLETE PEPTIDE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pandinus imperator (サソリ) / 組織: VENOM / プラスミド: PSR9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P55928
Has protein modification	Y

#1: タンパク質・ペプチド

TOXIN K-BETA / PITX-KB / ALPHA-KTX5.2

分子量: 4080.824 Da / 分子数: 1 / 断片: COMPLETE PEPTIDE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pandinus imperator (サソリ) / 組織: VENOM / プラスミド: PSR9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P55928

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	ROESY
1	5	1	P.E.COSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO-DIMENSIONAL NMR ON AN UNLABELED SAMPLE OF RECOMBINANT PITX-KB (M).

-
試料調製

詳細	内容: 10% D2O AND 100%D2O
試料状態	イオン強度: 1.44 mM / pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 310.00 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1	BRUNGER	構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: 425 NOE DISTANCE CONSTRAINTS, 22 H-BOND CONSTRAINTS, 11 CHI ANGLE CONSTRAINTS, 26 PHI ANGLE CONSTRAINTS

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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