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- PDB-1c41: CRYSTAL STRUCTURES OF A PENTAMERIC FUNGAL AND AN ICOSAHEDRAL PLAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c41
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF A PENTAMERIC FUNGAL AND AN ICOSAHEDRAL PLANT LUMAZINE SYNTHASE REVEALS THE STRUCTURAL BASIS FOR DIFFERENCES IN ASSEMBLY
要素LUMAZINE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LMZ / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe grisea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Persson, K. / Schneider, G. / Jordan, D.B. / Viitanen, P.V. / Sandalova, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure analysis of a pentameric fungal and an icosahedral plant lumazine synthase reveals the structural basis for differences in assembly
著者: Persson, K. / Schneider, G. / Jordan, D.B. / Viitanen, P.V. / Sandalova, T.
履歴
登録1999年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月16日Group: Structure summary
改定 1.42018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LUMAZINE SYNTHASE
B: LUMAZINE SYNTHASE
C: LUMAZINE SYNTHASE
D: LUMAZINE SYNTHASE
E: LUMAZINE SYNTHASE
F: LUMAZINE SYNTHASE
G: LUMAZINE SYNTHASE
H: LUMAZINE SYNTHASE
I: LUMAZINE SYNTHASE
J: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,76240
ポリマ－210,93910
非ポリマー4,82430
水18010
1
A: LUMAZINE SYNTHASE
B: LUMAZINE SYNTHASE
C: LUMAZINE SYNTHASE
D: LUMAZINE SYNTHASE
E: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,88120
ポリマ－105,4695
非ポリマー2,41215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21390 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA
2
F: LUMAZINE SYNTHASE
G: LUMAZINE SYNTHASE
H: LUMAZINE SYNTHASE
I: LUMAZINE SYNTHASE
J: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,88120
ポリマ－105,4695
非ポリマー2,41215
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21360 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA
3
A: LUMAZINE SYNTHASE
B: LUMAZINE SYNTHASE
C: LUMAZINE SYNTHASE
D: LUMAZINE SYNTHASE
E: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子

F: LUMAZINE SYNTHASE
G: LUMAZINE SYNTHASE
H: LUMAZINE SYNTHASE
I: LUMAZINE SYNTHASE
J: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,76240
ポリマ－210,93910
非ポリマー4,82430
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area45750 Å2
ΔGint-430 kcal/mol
Surface area49140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.800, 124.700, 141.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9975, -0.0587, -0.0386), (-0.0189, 0.3058, -0.9519), (0.0677, 0.9503, 0.304)-3.4284, -46.9073, 39.8449
2given(0.995, -0.102, 0.013), (-0.075, -0.804, -0.59), (0.071, 0.586, -0.807)-3.376, -23.81, 96.539
3given(0.9944, -0.0708, 0.078), (-0.1033, -0.8016, 0.5889), (0.0208, -0.5937, -0.8044)-0.7402, 37.6131, 91.9088
4given(0.9976, -0.0102, 0.0682), (-0.0612, 0.3226, 0.9445), (-0.0316, -0.9465, 0.3212)1.8649, 51.6663, 31.9699
5given(0.995, 0.032, 0.09), (-0.05, -0.627, 0.778), (0.081, -0.778, -0.622)48.106, 106.847, 46.701
6given(0.994, 0.09, 0.062), (-0.101, 0.544, 0.833), (0.041, -0.834, 0.55)50.424, 105.462, -14.491
7given(0.9966, 0.082, -0.0033), (-0.0799, 0.961, -0.2647), (-0.0185, 0.2641, 0.9643)53.417, 46.6455, -32.0285
8given(0.9994, 0.0211, -0.0259), (-0.027, 0.0533, -0.9982), (-0.0197, 0.9984, 0.0539)53.4146, 11.6551, 18.0235
9given(0.9992, -0.0122, 0.0377), (0.0019, -0.9357, -0.3527), (0.0396, 0.3525, -0.935)50.0842, 49.0867, 67.1495

-
要素

#1: タンパク質
LUMAZINE SYNTHASE / E.C.2.5.1.9 / 6 / 7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE / DMRL SYNTHASE / RIBOFLAVIN SYNTHASE BETA CHAIN


分子量: 21093.871 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UVT8, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-LMZ / 5-NITROSO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE / RNOP


分子量: 290.230 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N4O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1reservoir
327 %mPEG50001reservoir
4200 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.958
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 31842 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 16.9 % / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.1→3.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 539917 / Rmerge(I) obs: 0.136
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.5 % / Rmerge(I) obs: 0.396

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RVV

1rvv


解像度: 3.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 -4.9 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 31795 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.3 Å20 Å20 Å2
2--13.9 Å20 Å2
3----7.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12430 0 300 10 12740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.13 Å / Total num. of bins used: 32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 47 4.9 %
Rwork0.359 727 -
obs--81 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAINI.TOP
X-RAY DIFFRACTION4INI.PARION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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