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万見
- PDB-1c39: STRUCTURE OF CATION-DEPENDENT MANNOSE 6-PHOSPHATE RECEPTOR BOUND ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c39
タイトルSTRUCTURE OF CATION-DEPENDENT MANNOSE 6-PHOSPHATE RECEPTOR BOUND TO PENTAMANNOSYL PHOSPHATE
要素CATION-DEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR
キーワードSIGNALING PROTEIN / RECEPTOR / CATION DEPENDENT MANNOSE 6-PHOSPHATE / P-TYPE LECT TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Glycosphingolipid catabolism / secretion of lysosomal enzymes / Lysosome Vesicle Biogenesis / retromer complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein targeting to lysosome / lysosomal transport / trans-Golgi network ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Glycosphingolipid catabolism / secretion of lysosomal enzymes / Lysosome Vesicle Biogenesis / retromer complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein targeting to lysosome / lysosomal transport / trans-Golgi network / late endosome / endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor / Mannose-6-phosphate receptor / Mannose-6-phosphate receptor / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / MOLECULAR REPLACEMEN / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Olson, L.J. / Zhang, J. / Lee, Y.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.-P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Structural basis for recognition of phosphorylated high mannose oligosaccharides by the cation-dependent mannose 6-phosphate receptor.
著者: Olson, L.J. / Zhang, J. / Lee, Y.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Molecular Basis of Lysosomal Enzyme Recognition:Enzyme Recognition: Three- Dimensional Structure of the Cation-Dependent Mannose 6-Phosphate Receptor
著者: Roberts, D.L. / Weix, D.J. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.
履歴
登録1999年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATION-DEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR
B: CATION-DEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5548
ポリマ－34,4272
非ポリマー2,1286
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.840, 79.310, 55.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CATION-DEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR / CDMPR


分子量: 17213.363 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACYTOPLASMIC DOMAIN / 変異: N31Q, N57Q, N68Q, N87Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株 (発現宿主): 5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P11456
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 584.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a1122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_6*OPO/3O/3=O]/1-1-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+0)][P]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化pH: 6.4 / 詳細: pH 6.40
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
225 %(w/v)mPEG50001dropprecipitant
30.2 Mammonium acetate1dropprecipitant
40.1 Mcacodylate 1dropprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 48273 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / % possible all: 62.3
反射
*PLUS
Num. obs: 28822 / Num. measured all: 48273
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMEN
開始モデル: PDB ENTRY 1M6P

1m6p


解像度: 1.85→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 146959.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: SIMULATED ANNEALING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2243 8 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 27632 88.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å2-2.93 Å2
2--2.67 Å20 Å2
3----2.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2406 0 134 171 2711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.592
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.032.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 295 8.1 %
Rwork0.312 3359 -
obs--70.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MAN.PARMAN.TOP
X-RAY DIFFRACTION5NAG.PARNAG.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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