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- PDB-1c32: SOLUTION STRUCTURE OF A QUADRUPLEX FORMING DNA AND ITS INTERMIDIATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c32
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A QUADRUPLEX FORMING DNA AND ITS INTERMIDIATE
要素DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / APTAMER / QUADRUPLEX / METAL BINDING DNA / POTASSIUM / THROMBIN
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / STRUCTURE REFINEMENT OF THE DNA WAS PERFORMED USING COMPLETE RELAXATION MATRIX, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS.
データ登録者Bolton, P.H. / Marathias, V.M. / Wang, K.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Structures of the potassium-saturated, 2:1, and intermediate, 1:1, forms of a quadruplex DNA.
著者: Marathias, V.M. / Bolton, P.H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Determination of the Number and Location of the Manganese Binding Sites of DNA Quadruplexes in Solution by EPR and NMR in the Presence and Absence of Thrombin
著者: Bolton, P.H. / Marathias, V.M. / Wang, K.
履歴
登録1999年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7431
ポリマ－4,7431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1080-88 AND 91-100 PS STRUCTURES FORM TRAJECTORY
代表モデルモデル #10100ps structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')


分子量: 4743.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THROMBIN BINDING QUADRUPLEX

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121PE-COSY
131ROESY
141BASD-TOCSY
152WATERGATED NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS FILE CONTAINS THE COORDINATES OF 10 STRUCTURES FROM 80-88 AND 91-100 PS.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
1140 MM NACL, 5 MM KCL, 20 MM TRISD11, PH=7.0 BUFFER
2140 MM NACL, 5 MM KCL, 20 MM TRISD11, PH=7.0 BUFFER
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1140 mM NACL 71 atm15 K
2140 mM NACL 71 atm5 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS4002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVARIANcollection
VNMR6.1BVARIAN解析
Felix970MSI解析
Felix970MSI精密化
X-PLOR3.1BRUNGER構造決定
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
精密化手法: STRUCTURE REFINEMENT OF THE DNA WAS PERFORMED USING COMPLETE RELAXATION MATRIX, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS.
ソフトェア番号: 1
詳細: 303 NOE VOLUME CONSTRAINTS FROM THE 100 MS AND 498 NOE FROM THE 250 MS NOESY DATA WERE USED. IN ADDITION 10 NOE CONSTRAINTS INVOLVING THE IMINO PROTONS OF RESIDUES G1, G5, G6, G8, G10, G14, ...詳細: 303 NOE VOLUME CONSTRAINTS FROM THE 100 MS AND 498 NOE FROM THE 250 MS NOESY DATA WERE USED. IN ADDITION 10 NOE CONSTRAINTS INVOLVING THE IMINO PROTONS OF RESIDUES G1, G5, G6, G8, G10, G14, AND G15 WERE USED AS DISTANCE CONSTRAINTS. FOUR HYDROGEN BONDS WERE USED FOR EACH GUANINE INVOLVED IN A QUARTET. EXPERIMENTAL COUPLING CONSTANTS WERE USED TO GENERATE 45 DIHEDRAL CONSTRAINTS, 15 FROM BASHD-TOCSY EXPERIMENTS (H3*-31P), AND 30 FROM PE-COSY DATA (H1*-C1*- C2*-1H2* AND H1*-C1*-C2*-2H2*). ADDITIONAL CONSTRAINTS WERE USED TO KEEP THE PURINE RINGS PLANAR. THE STARTING STRUCTURE USED WAS THE STRUCTURE OBTAINED IN A PREVIOUS REFINEMENT. THE NON-BONDED INTERACTION CUT-OFF WAS SET TO 11.5 A, USING X-PLOR PROTOCOLS. THE ACTIVE DISTANCE OF THE SWITCHING FUNCTIONS WAS 7.5 TO 10.5 A. THE DISTANCE CUT-OFF FOR THE HYDROGEN BONDING INTERACTIONS WAS 7.5 A. THE SWITCHING FUNCTION FOR HYDROGEN BONDING INTERACTIONS WAS ACTIVE FROM 4.0 TO 6.5 A. THE ENERGY OF THE STARTING STRUCTURE WAS MINIMIZED IN 200 STEPS OF POWELL'S CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION. THE RELAXATION MATRIX REFINEMENTS WERE CARRIED OUT IN VACUUM AT 300K WITH A RELATIVE WEIGHTING OF ALL THE EXPERIMENTAL CONSTRAINTS (NOE, DISTANCE AND DIHEDRAL) OF 60 KCAL/MOL. SUBSEQUENTLY, A 100 PS RELAXATION MATRIX TRAJECTORY WAS CONDUCTED WITH STRUCTURES SAVED EVERY 2 PS. THE TRAJECTORIES STABILIZED AFTER 30 PS. UPON COMPLETION OF THE SIMULATION AN ADDITIONAL 200 STEP CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION WAS CONDUCTED TO PRODUCE THE FINAL STRUCTURES. THE ROOT MEAN SQUARE DEVIATION {OF WHAT?} WAS CALCULATED TO BE 0.14. THE NOE CROSS-PEAK VOLUMES OF THE STRUCTURES OBTAINED BETWEEN 80-100 PS AT INTERVALS OF 2 PS WERE BACKCALCULATED USING THE FELIX 970 SOFTWARE PACKAGE (MSI INC.) PARAMETERS USED IN THE BACKCALCULATION PROTOCOL ARE AS FOLLOWS: A CORRELATION TIME OF 5.0 NS, A Z-LEAKAGE RATE OF 3.0 S-1 AND A DISTANCE CUT OFF OF 7.5 A. NOE SPECTRA OF THESE 10 STRUCTURES WERE THEN BACKCALCULATED AND AVERAGED. 40 NOE INTENSITIES FROM THE EXPERIMENTAL NOESY SPECTRA WERE USED TO NORMALIZE THE BACKCALCULATED TO THE THEORETICAL NOES. THE NORMALIZATION AND AVERAGING PROCESSES WERE CONDUCTED ON A IN HOUSE PROGRAM. THE RMS, R AND Q VALUES OF THE AVERAGED STRUCTURE THAT ARE 0.28, 0.68 AND 0.30.
代表構造選択基準: 100ps structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 80-88 AND 91-100 PS STRUCTURES FORM TRAJECTORY
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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